程朱理学是宋明理学的一个流派，是宋代以后“新儒学”的代表性成果，自南宋以后，在政权力量的支持下逐渐成为中国思想领域的执牛耳者，以后元明各代地位日隆，其学术系统和阐发要义也随着时间沉淀而愈发繁复。但是明清鼎革之际，清初统治者并不是顺其自然地继承了这一统治思想，程朱理学在清初地位的确立经历了历史性的曲折与变化。
清初统治者入关后，强制推行“剃发令”、“逃人法”等激化民族矛盾与阶级矛盾的政策，各地反清运动风起云涌。为了缓和矛盾、控制局势，清初统治者希望借助汉族传统学术思想来巩固统治。在范文程等人的建议下，清廷祭祀孔子，为孔子后裔承袭“衍圣公”头衔。顺治三年(1646年)清政府恢复科举，科举考试依旧从“四书五经”中抽取题目，考试问题沿用八股文。
康熙皇帝本身有着极高的汉学修养，精通满汉文化，他对于推动程朱理学成为统治思想做出了很大努力。康熙帝曾说朱熹的作品是“天地之正气、宇宙之大道”。他还将朱熹提拔到孔庙第十一位配享哲人，给予尊隆地位。康熙命学者李光地删节修改《性理大全》成《性理精义》，又主持编辑了《朱子大全》颁布天下。康熙在位后期，程朱理学被尊为正统。