退出联邦的运动
在许多南部白人的眼里，林肯的胜利意味着，他们的未来将被置于一个对本区域价值观和利益极度仇视的政党的任意摆布之下。那些鼓吹退出联邦的人并不相信林肯政府会立即对各州已经存在的奴隶制采取行动。如果1860年的大选标志着权力的根本转移的话，那么这也意味着一个漫长的共和党统治时期的开始，至少看上去这种可能是存在的；在此后5年甚至10年内，共和党人可以按照北部反对奴隶制势力的要求，说后者想说的话。此外，奴隶主们还担心，共和党会将其组织和影响延伸到南部，吸引那些并非奴隶主的南部人的支持。与其在一个由他们的对手控制的国家内接受一个少数派的地位，还不如实行区域的独立，南部腹地的政治领袖们大胆地提出了这一主张。他们相信，面临威胁的不单是一次选举，而是南部的整个生活方式。
林肯当选后的几个月里，从南卡罗来纳到得克萨斯的7个南部州宣布退出联邦。这些棉花王国范围之内的州，相对于南部的北部来说，这些州的奴隶人数在各自的总人口中占有一个更大的比例。首先宣布退出联邦的是南卡罗来纳州，它的奴隶人口在州人口总数所占的比例最高，与此同时，该州也拥有一个长期的政治激进主义的历史。1860年12月20日，州立法机构全票赞成做出了退出联邦的决定。它的《关于退出联邦的近因的宣言》（Declaration of the Immediate Causes of Secession）将奴隶制作为危机的核心问题提了出来。北部已经“篡夺了决定我们内部体制是否正当合理的权力”。林肯是一个“对奴隶制抱有敌视意见和目的”的人。历史经验证明，“当蓄奴州屈服于非蓄奴州的意志时，它们是不会感到安全的。”退出联邦分子将他们的事业与美国争取独立的事业等同起来。亲奴隶制的思想家乔治·菲兹休后来声称，南部的退出联邦比起1776年的“共同事件”来说，更加具有意义，因为南部所反抗的不光是某一个特定的政府，而是那个错误的、基于“人类平等”和“自然自由”之上的现代思想。
退出联邦的危机
随着联邦的开始解体，布坎南总统看上去一筹莫展，处于一种无能为力的状态。他否认州有权退出联邦，但他同时也否认联邦政府有权使用武力制止州 ［退出联邦］的行动。其他政治领袖们竭力寻找一个解决危机的方案。地处南北交界的蓄奴州肯塔基的国会参议员约翰·克里滕登（John J. Crittenden）提出了一项妥协计划，这是退出联邦的那个冬季获得最多支持的妥协方案。克里滕登的计划包括了一系列的不可修正的宪法修正案，保证各州内现存奴隶制的未来发展不受干扰，并将密苏里妥协线延伸到太平洋海岸，将所有“现在拥有的，或此后获取的”联邦领土划分为实行奴隶制的和自由的两个部分。退出联邦的州拒绝接受这项妥协，认为它提供的妥协太少了，而且也来得太迟了。但上南部和北部的许多人认为这是一个解决区域争端和避免内战的出路。
克里滕登的计划遭到了林肯的反对。林肯愿意在退还逃奴等问题上与南部协商，但在反对奴隶制扩张的问题上，他不做丝毫的让步。在这个问题上，他对共和党的领袖们说，他打算“做到立场坚定，如同一条钢铁的链条一样”。林肯相信，此时此刻，民主制度的一个基本原则处于危急之中。“我们刚刚在清楚的向人民宣示的一系列原则的基础上赢得了一场选举，”他写道，“现在我们被提前告知，除非我们在掌权之前，向那些被我们击败的人投降，政府将遭到分裂……如果我们投降的话，这将是我们的末日，也将是这个政府的末日。”此外，林肯还担心，克里滕登妥协中使用的“此后获取的”领土的词语会给南部留下一个几乎不加遮掩的邀请，它们有可能借此在将来要求获取古巴、墨西哥和其他适于实施奴隶制的领土。
在林肯于1861年3月4日就职之前，7个退出联邦的州组成了美利坚邦联国，制定了宪法，选举来自密西西比州的杰斐逊·戴维斯担任总统。南部同盟的宪法基本上是模仿联邦宪法制定的，除了在几个地方做出的改动之外——总统的任期为每届6年；如同英国的体制一样，内阁成员可以参加国会的会议。然而，它与联邦宪法的明确不同在于，它保证了奴隶财产在各州和在这个新国家今后获取的所有领土上不受侵犯。南部同盟的“基石”，戴维斯的副总统、佐治亚的亚历山大·斯蒂芬斯宣称，是“这样一个事实：黑人与白人是不相等同的；奴隶制，即对优越民族的服从，是黑人应有的自然和正常的境地”。
战争的来临
即便他否定了克里滕登的妥协计划，林肯并不认为战争是不可避免的。当他成为总统时，南部北部的8个州继续留在联邦之中。在这些州里，奴隶和奴隶主人口在州人口的比例数要比南部腹地各州低很多；这些州的许多白人也不认为，林肯的当选是解散联邦的正当理由。即便在南部同盟内部，白人之间对退出联邦也存有分歧，相当一部分不拥有奴隶的农场主对退出联邦也表示反对。林肯相信，过不了多久，退出联邦的活动会在内部不攻自破。
1861年3月4日，当他发表就职演说时，林肯力图使用一种和解的基调。他拒绝承认州有退出联邦的权利，但否定了联邦政府干扰各州既存奴隶制的可能。至于重新夺回遭到南部同盟占领的联邦军事要塞、弹药库和海关设施，林肯只字未提，尽管他保证将“控制”那些留在退出联邦各州境内的联邦财产。与此同时，林肯也发出了含蓄的警告：“我的心怀不满的同胞们，涉及内战的重大问题是掌握在你们的手中，而不是在我的手中。”
在他作为总统的最初一个月里，林肯几乎是在走钢丝绳。他避免采取任何有可能导致更多的州退出联邦的行动，鼓励支持联邦的南部人在南部同盟内部发表自己的意见，并力图遏制在北部不断增长的要求对退出联邦行为采取军事行动的呼声。考虑到战争的危险继续存在，林肯力图做到，如果战争发生，打响第一枪的是南部，而不是联邦。这正是1861年4月12日在萨姆特堡发生的情形。萨姆特堡是南卡罗来纳州内查尔斯顿海湾中的一个由联邦军队控制的地盘。
在这几天之前，林肯曾知会南卡罗来纳州的州长，说他打算给缺少粮食的萨姆特堡补充供给。杰斐逊·戴维斯把萨姆特堡看成是对南部民族主义的一种挑战，他也希望对摇摆不定的上南部加入南部同盟施加压力，于是下令对萨姆特堡进行炮击。4月14日，要塞的指挥官投降了。次日，林肯宣布，南部出现了叛乱，需征召7.5万人的军队对此进行镇压。内战从此拉开序幕。几周之内，弗吉尼亚、北卡罗来纳、田纳西和阿肯色加入了南部同盟。“双方都反对进行战争，”林肯后来说道，“但其中一方想要发动战争，而不是让联邦生存下去；另外一方必须接受战争，而不能让联邦消亡。于是，战争就发生了。”
1842年，亨利·沃兹沃思·朗费罗（Henry Wadsworth Longfellow）出版了《关于奴隶制的诗选》（Poems on Slavery）。这是一部诗集，其中包括了一首名为《警告》（The Warning）的诗。在诗中，朗费罗将美国的奴隶与力量巨大无比的圣经人物参孙（Samson）相比较，参孙在遭遇双目失明和镣铐所困的迫害之后，设法捣毁了他的迫害者的庙堂：
在这片土地上有一个可怜的、双目失明的参孙，
他此刻被铁镣束缚，失去了力量，
在某个可怕的喧嚣之时，他将举起手来 摇晃这个国家的支柱，
直到我们这幢庞大的自由庙宇
变成一堆杂乱无章的废墟和瓦砾。
1861年，朗费罗的警告变成了现实。建国者们创立的联邦被毁灭了。重建联邦的斗争将会带来美国自由的新生。