藤原氏的摄关政治促使后三条天皇发动反击，并开启了院政时期。
然而院政这种贵族封建主统治形式的出现，促使统治阶级内部的矛盾更加复杂化和尖锐化。除了皇室同摄关家的矛盾外，在上皇(法皇)与天皇之间以及藤原氏内部也都存在着矛盾，并且这些矛盾又总是和新兴的源氏、平氏两大武士集团之间、每一个武士集团内部的矛盾纠缠在一起。这种错综复杂的矛盾关系的发展，终于导致保元元年(公元1156年)的“保元之乱”和平治元年(公元1159年)的“平治之乱”两次大混战。在“保元之乱”中，依靠源为义(公元1096年—公元1156年)、源为朝(公元1139年—公元1170年)父子及平忠正等人兵力的祟德上皇(公元1123年—公元1141年在伤)、左大臣藤原赖长一派，被借助于源为义之子源义朝(公元1123年—公元1160不)和平忠正外甥平清盛(公元1118年—公元118年1)兵力的后白河天皇、藤原赖长之兄关白藤原忠通(公元1097年—公元1164年)一派击败。这使贵族们认识到，不只地方之乱，就是中央皇族、贵族之间的对立，不依靠武士力量也是不能解决的。此后平清盛受到白河院重用，扶摇直上，这又如剧了平清盛与源义朝之间的矛盾。在3年后的“平治之乱”中，平清盛终于击败了他的对手，源义朝在逃亡中被杀，其子年方13岁的源赖朗(公元1147年—公元1199年)幸免于难，被流放到伊豆(静冈县)。
然而院政这种贵族封建主统治形式的出现，促使统治阶级内部的矛盾更加复杂化和尖锐化。除了皇室同摄关家的矛盾外，在上皇(法皇)与天皇之间以及藤原氏内部也都存在着矛盾，并且这些矛盾又总是和新兴的源氏、平氏两大武士集团之间、每一个武士集团内部的矛盾纠缠在一起。这种错综复杂的矛盾关系的发展，终于导致保元元年(公元1156年)的“保元之乱”和平治元年(公元1159年)的“平治之乱”两次大混战。在“保元之乱”中，依靠源为义(公元1096年—公元1156年)、源为朝(公元1139年—公元1170年)父子及平忠正等人兵力的祟德上皇(公元1123年—公元1141年在伤)、左大臣藤原赖长一派，被借助于源为义之子源义朝(公元1123年—公元1160不)和平忠正外甥平清盛(公元1118年—公元118年1)兵力的后白河天皇、藤原赖长之兄关白藤原忠通(公元1097年—公元1164年)一派击败。这使贵族们认识到，不只地方之乱，就是中央皇族、贵族之间的对立，不依靠武士力量也是不能解决的。此后平清盛受到白河院重用，扶摇直上，这又如剧了平清盛与源义朝之间的矛盾。在3年后的“平治之乱”中，平清盛终于击败了他的对手，源义朝在逃亡中被杀，其子年方13岁的源赖朗(公元1147年—公元1199年)幸免于难，被流放到伊豆(静冈县)。
图 平治之乱
保元、平治之乱为平氏掌权铺平了道路。公元1167年平清盛取得太政大臣之职，官邱设在京都的六波罗地方，在那里发号施令。所以他的政权史称六波罗政权。平氏政权是从大官僚贵族封建主统治的天皇制早期封建国家向以中小封建主为社会基础的军事封建主集团统治的中期封建国家过渡的政权形式。平清盛从贵族、寺社那里夺取庄园，把以畿内、西国为中心的500多所庄园和达全国半数以上的知行国弄到自已手里，任命自己的家臣为领国的国司，任命顺从平民的武士担任一部分贵族庄园的“地头”，令其管理。另外，和采取闭关政策的贵族政权不同，平氏政权采取与中国南宋政权通好的政策，积极推进日中贸易。为便于南宋大型船只驶入獭户内海，曾动工开凿音户海峡，还在摄津的福原筑港，使它成为对中国贸易的重要港口。嘉应2年(公元1170年)，平清盛在福原别庄劝后白河法皇接见当时在日的南宋商人。南宋商人回国后立即将平清盛的行动向明州刺史报告，于是中国在承安2年(公元1172年)赠给日本朝廷碟状和礼品，以求扩大贸易规模。所以说平清盛对促进中日两国邦交正常化方面起了一定的作用。
但是，平氏政权的革新作为极其有限，平清盛所追求的也主要是骄奢淫逸的贵族生活及其一族的利益。他没有改变原有的国家，机构，只是巧妙地利用天皇、法皇、贵族间的对立而发展自己势力。他没有制定出对于捍卫新兴武士封建主利益有着决定意义的政策。向贵族庄园派置“地头”，虽然可说是后来镰仓幕府“地头制”的先驱，但这种地头权限很小，是不能违背贵族庄园主的意志的。平清盛的保守政策使地方武士团很快丧失了对他的信赖。在经济上遭到损失并在政治上受到打击的后白河院、摄关家以及南都(奈良)北岭(京都)的比睿山、兴福寺、延历寺等大寺院，自然也越来越增加了对平清盛的反感，终于在治承元年(公元1177年)发生了受法皇指示的一伙贵族密谋打倒平氏的事件。事件平息后，平清盛加强了恐怖统治，但反平氏政权的势力却日益增大。