庄园制经济的进一步强化
庄园制是镰仓时代封建土地所有制的主要形式。这个时代虽然也存在着少量国衙领即国有地，但基本上也已庄园化。庄园的统治者是庄园领主(国司)和由御家人担当庄官(在厅官人)的地头。地头拥有“下地”(产生收益的土地)的管理、征税、警察和裁判等职权，因此也就拥有与这种地头职权相应的收益权。收益所产生的对象按当时语言称作“所领”。地头所领按其收益形态计有“给田（上白下田）”、“杂免地”，和“免在家”等。“给田（上白下田）”指地头的宅地及其附属土地，不负担任何年贡、“公事”(劳役、杂税)，地头把它作为完全的私有地领有，收益全归自己。“杂免地”亦称“给名”，只向庄园领主交纳少量年贡，年贡以外的赋课(“公事”)，成为地头的收益。“免在家”是免除“在家”赋课的意思，即庄园领主免征对农民房屋、宅地、园田的赋课，而将这些转作地头的收益。此外，地头的收益中还有加征米和“检断得分”(从对犯人的处分中取得的收入)，以及其他等。
庄园农民大体可分为四个阶层：大名主、小名主(“百姓名主”)、作人(“小百姓”)、“下人”和“所从”。拥有3至10町名田的大名主多将自己名田相当部分交给因失去名田而变成“作人”的佃农耕种，余下的直营地则役使半奴半农身份的“下人”和“所从”。大名主是名主中的少数，他们往往取得御家人身份，爬到地头、庄官的地位。拥有l至2町左右名田的小名主是名主的多数，他们以自家的劳动为基础，以l至2名下人、所从的劳动为辅助进行生产。小名主和作人、下人、所从是庄园里的基本劳动群众，是被统治阶级。
名主向领主交纳的贡租分田租(水田租)和皂租(旱田租)两 种。田租包括“本年贡”和“付加米”。“本年贡”相当于产量的30—40％。
自租的标准因作物种类不同而有所不同。名主的负担还有“万杂公事”和“夫役”。前者是对农副产品、家内手工业产品、山野产品、水产品等的课税，后者是被征课的徭役，主要是为领主和地头群种直营田，修建和维修水渠、堤坝，警卫领主住宅、仓库、搬运贡租等无偿劳动。名主的负担繁杂而沉重，只是大名主例外，因为他们总是把这些负担转嫁给手下的“作人”和“下人”。
农民的斗争
规定的封建负担已经压得农民喘不过气来。地头凭借手中权力巧取豪夺，横征暴敛，更使农民痛苦不堪。农民们被迫集体逃亡或上诉，进行抵抗。建治元年(公元1275年)12月28日高野山领地纪伊国阿氏河庄上村(今和歌山县有田郡和清水四)的百姓名主向庄园领主递交了一份“诉状”，控告地头的非法暴行。其中说，百姓们忍受本了地头的暴行逃走了，地头追回来一部分，强令他们在逃亡者的田地里劳动，如不听从就要“拘拿妻子，割耳削鼻，剃发为尼，捆以绳索，严加处治”。但是地头的暴行制止不住农民的反抗斗争，离村弃耕之举是对地头领主的一大威胁。这是镰仓晚期的例子，实际上幕府早在《贞永式目》中就已不得不对地头们的横暴行为加以制止，并规定对待名主们的去留“宜从民意”。同一时期，在边疆地带的出云国鳄渊寺领地，地头被迫放弃无限制役使百姓名主的作法，规定一年之内不能强迫一个居民工作25日以上。说明通过斗争，地头的恣意役使不得不用法律加以限制。
图 镰仓幕府建立
镰仓时代，尤其自中期起，在那些生产力较高、和市场有联系的经济先进地区，阶级分化十分显著，总的趋势是下层农民、尤其半奴半农的所从、下人等的地位不断提高。位于山城国的东寺庄园上久世庄，原来拥有的50町耕地是由分为3至4町的13块名田组成，到了1324年，登记在领主土地册上的农民增加到34名。这34名农民中大多是从“下人”、“所从”升上来的，获得土地，独立经营；原来的一些“作人”则上升为新名主。上述纪伊国阿氏河庄上村，1194年“作人”有25户，至1273年增至55户。“作人”仍是地头领主和大名主的依附农民，但同“所从”、“下人”相比，减少了一些无偿劳役，人身依附关系有所减弱。有一些且有自己的土地并摆脱了大名主的中间剥削而和地头领主直接发生租佃关系。
地头制的确立
随着幕府权力的扩大，地头势力逐渐强大。庄园内征收年贡是地头的任务之一，可是有许多地头并不把征收来的年贡交给庄园领主，而是攫为已有，引起同庄园领主的不断纷争。庄园领主大多住在京都、奈良、距庄园较远，自己又缺乏实力，不能制止地头的横暴。庄园领主遂索性将庄园的一切支配权都交给地头，而靠地头包收年贡(“地头请”)的办法来取得年贡的一部分。幕府从保护御家人的立场出发，肯定了这种办法。使它得到推广。13世纪中叶，在前摄政九条道家的40余所庄园中就有8所是实行“地头请”制的庄园。然而地头往往不交足他所承包的年贡额，后来庄园领主便干脆采取分庄园土地(包括土地上的农民)为两部分的“下地中分”的办法，以保证双方互不侵犯对方权益。地头以分得的一半庄园为阵地，蚕食其余部分，在乡领主阶级于是日益壮大。后来这些地头又处于守护支配之下，全国庄园就逐渐掌握在守护之手，奠定了守护领国制形成的基础。
农业、手工业和商业的发展
关东和九州边远地带由于开垦荒地、大规模扩大了水田面积。在开垦基本上达到饱和状态的畿内及其周围地带，农民努力于集约经营，通过推广育苗，增加品种，利用奋力，普及农具，生产大有提高。同时也注重多种经营，小麦的种植得到普及。从镰仓中期起，又开始了水稻和小麦的轮作，一年两次收获。这在日本农业发展史上是一件划时代的大事。文永元年(公元1264年)幕府曾命令各前(冈山县)，备后(广岛县)两国的御家人免收农民收割后的稻田上种植小麦的麦税，借以鼓励水稻和小麦的轮作。为了防止地力减迟，便充分利用草木灰和人粪尿等肥料，也致力于对水车等灌溉设施的有效利用。
随着农业生产的发展，手工业和商业也有了进一步发展。京都、奈良等先进地区仍是手工业的中心，但地方手工业也纷纷兴起。在靠近各种原料产地和交通便利的地点，金属冶炼、铸造、丝织、麻织、造纸、酿酒、陶瓷制造等各种手工业都有发展，出现了诸如镰仓，博多等地一些新的手工业中心。手工业者日益脱离农业而独立；分化成为专职工匠，技术水平大大超过前代。例如锻冶业。农具和武器的锻造已经专门化、出现“镰刀锻冶”、“锹锻冶”、“箭锻治”、“刀锻冶”等工匠名称‘锻造技术，尤其刀的锻造技术发展突出。陶瓷业已有悠久历史，至镰仓时代由于“獭户烧““，这种陶瓷器浇制成功，引起烧窑技术的巨大飞跃。
市集已从不定期发展到定期，每月三次，并且从先进地区畿内及其周边一带普及到全国各地。自给自足的自然经济占优势的庄园，此时大抵都在不同程度上卷入交换经济的波涡。至镰仓末期，从庄园中小名主阶层中到市集做买卖的人增多，后来定居市场，转化成市场商人。
前代以来居住在水陆要地经营货栈、为庄园领主保管、运送或代理贩卖庄园年贡的“问丸”，至镰仓末期有一些从领主那里独立出来，成为专门从事转买转卖和经营运输业务，供应城市店铺商品的居间商人“问屋”。他们雇用许多陆上运输工人(“马借”)和码头卸货工人(“江丁”)。从13世纪起，手工业者和商人中出现了联合为“座”的同业公会。“座”须向各自的“本所”——朝廷、贵族或寺社庄园领主纳税，以此为代价获得免税通过各地关卡的权利以及在一定地区采购原料、制造和贩卖商品的垄断权。“座”的形成对日本封建社会手工业和商业的发展有积极作用。
交换经济的发展引起货币的需求。从13世纪起，交易中较多地使用了钱币。当时日本不铸造货币，通用的钱币是日宋贸易中输入的宋钱（当时亚洲大陆的宋朝、辽朝、金朝均使用宋币，详见宋与辽的货币战争与贸易渗透）。从这时起，庄官和地头向庄园领主交纳承包的年贡米大多用钱币代替，然而征自农民的年贡则多系实物。随着货币的广泛流通，出现了汇兑业务。当时的汇兑有汇兑钱币(“替钱”)和汇兑稻米(“替米”)之别，其票据称为“割符”。经营这种事业的商人称为“替钱屋”或“割符屋”。在货币经济发展、对货币需求增大的情况下，还出现了当时称为“借上”的高利贷业者。庄园里的部分富裕名主往往把产品换成货币，经营“酒屋”(酿酒作坊或酒店)，兼营高利贷业。“问丸”中也有许多人兼营高利贷业。随之而来的是高利贷业者向贫困的御家人和农民高利贷款，以债务人的土地作抵押，而将这些土地集中到自己手里。同时，也有的接受土地以外的典当物品，把这些物品保管在“土仓”(围有土墙的仓库)之中，所以高利贷业者和金融业者也被称为“土仓”。于是手工业和商品货币经济的发达，促使庄园自给自足的自然经济日趋瓦解，这又带来阶级关系的新变化。