北条氏取代源氏的权力斗争
正治元年(公元1199年)源赖朝死，镰仓幕府内部爆发了权势之争。源赖朝死后，其遗孀北条政子(公元1157年—公元1225年)出家为尼，长子赖家继承将军职。不久，政子便以辅政为名实行垂帘听政，人称“尼将军”。她与父亲北条时政(公元1138年—公元1215年)合谋，建立幕府元老13人的协商体制，剥夺将军赖家裁决诉讼之权。以此北条时政及其子北条义时(公元1163年—公元1224年)掌握了幕政。赖家为了反击，乃削减获得恩赐地500町以上的御家人的土地面积，用以扶植自己的宠臣。这就把许多御家人推到北条氏一边。建仁3年(公元1203年)赖家以患病为由，决定两分天下，将关东28国授予其嗣子一幡，将关西38国授予其弟干幡，并将将军职让给千幡(实朝)。此举引起千幡的外祖北条时政同一幡的外祖比企能员之间的争斗。政子、义时消灭能员及其一族，杀死一幡，翌年害死赖家。时政当上政所“别当”，与大江广元并列。元久2年(公元1205年)时政谋杀源实朝未遂，引退。北条义时继其父位，建保元年(公元1213年)灭和田义盛，兼侍所别当，确立名为“执政”的地位，成为幕府的主宰者。
图 “尼将军”北条政子
此后，这个出身伊豆地方小豪族的北条氏一家，便以执政名义几乎在整个镰仓时代掌握着幕府的实权。承久元年(公元1219年)源实朝被暗杀。至此，源氏的正统自赖朝以来仅三代27年便断绝了。北条义时从京都迎来一个幼小贵族藤原赖经作将军，以后更迎立皇室宗族作将军。这是由于北条氏还要依靠传统的封建等级制，利用皇室贵族的精神权威来巩固自己一族的地位。
承久之乱
尽管源赖朝和北条氏对皇室贵族都持妥协态度，但皇室还是不甘心于部分权力的丧失而伺机反扑。皇室乘幕府内江之机逐渐恢复了势力，迫使亲幕派的关白藤原兼实下台，免掉源氏功臣之子佐佐木经高的三国守护之职。公元1221年，以后鸟羽上皇为首的皇室贵族发动了倒幕战争，因为这是承久3年的事，所以史称“承久之乱”。
皇室依靠的不过是争取过来的畿内及其附近几国1万几千名武士和憎兵的力量，而主要寄希望于正在内争的镰仓方面的御家人的大量倒戈。然而皇室错误地估计了形势，据《吾妻镜》记载，这时北条政子召集大江广元、北条义时等以下御家人，向他们指出幕府建立前御家人的悲惨情形，歌颂了源赖朝的恩惠，警告大家：幕府方面一旦失败，武士们低三下四地受贵族任意驱使的时代必将重新到来。她声泪俱下的讲话促进了御家人的团结，御家人纷纷率领自己一族参战。北条义时采纳大江广元短期决战的主张，以长子泰时(公元1183-公元1242年)为大将，弟时房为副将，分兵三路(东海、东山、北陆)向京都进发。进军路上，兵力迅速增加到19万人。皇室军队不堪一击，幕府军出镰仓不到一个月就占领了京都。
战后，幕府把后鸟羽、顺德和土御门三上皇分别流放到三个孤岛上，废年仅4岁的仲恭天皇，立后掘河天皇(公元1221年—公元1232年在位)；对站在皇室一边的公卿、武士分别处以斩、流之刑，没收他们的领地3000多处，使有战功的御家人充任这些领地的地头，称“新补地头”，以区别源赖朝时的“本补地头”。幕府按庄园11町给免租田1町的比例对新补地头赐田，以这些田地的年贡作为他们的所得。同时还从向庄园领主交纳年贡中按田地1段5升米的比例抽出“加征米”(“新补率法”)，作为新补地头收入的另一部分。幕府新设“六波罗探题”取代京都守护，赋予监视朝廷并行使迄今幕府统治力量薄弱的三河(爱知县)以西各国司法和行政权力，监督和指挥西国御家人，北条氏世袭其职。
武士政权的建立
承久之乱后，幕府的经济基础迅速扩大，在政治上确立了对京都朝廷的绝对优势，甚至皇位继承和朝廷官职的任命都需要帮府同意，京都朝廷的权力大为削弱。元仁元年(公元1224年)北条泰时任执权，在其任职的18年间采取了一系列发展经济的措施。其中最主要的一项是制定大规模的武藏野开发计划并付诸实施。条泰时还不断地完善幕府的统治体制。为加强执权的职能，增设其副职“连署”；为保持统治集团的团结，设置“评定众”，使前此设置的13人协商制度化。“评定众”由北条氏一族、幕府元老及执权、连署等组成，共约十三、四名，研究重要政务，裁决诉讼，成为幕府最高决策机关。北条时赖(公元1227年—公元1263年)任执权后又在“评定众”之下设“引付众”。责成其协助评定众审理诉讼案件。幕府的统治体制由是臻于完善。
贞永元年(公元1232年)在北条泰时主持下，幕府根据源赖朝以来幕府的政策和有关审判、处罚等个别法令精神制定《御成败式目》51条，亦称《贞永式目》。《贞永式目》肯定了御家人的土地所有权，赋予他们守护职、地头职以法律根据，从而巩固了封建武士的胜利成果。但就其阶级实质而言，一如天皇制政府的律令，《式目》乃是一部保卫包括皇室公卿贵族在内的整个封建主利益，维护封建秩序的法典，是强化封建剥削阶级实行对劳动人民专政的工具。它明确规定、：农民必须向封建主交纳年贡，欠交的年贡限期交足(第42条)；各国守护的任务是对谋反者、杀人者(“夜讨”、“山贼”、“海贼”、“强盗”)实行监督和镇压(第3条)。另外《式目》还通过有关御家人的规定，巩固幕府同御家人之间的封建主从关系。与京都朝廷的律令比，《式目》有许多自己的特点，例如文字通俗易懂，重视女性地位等。它施行的范围最初仅限于幕府管辖地区，后来逐渐扩大到全国。《式目》作为武家的基本法典，对后来的武家法制影响很大。
武士政权出现的意义
评价历史上一个政权存在的历史意义时，必须把它同该政权对当时经济发展所起的作用联系起来。封建武士借助农民群众反对朝廷的斗争壮大了自己，进而建立了政权，并且在同公家政权对抗中不断夺取阵地，扩大政权影响。武士大多数原为中小土地所有者；具有组织和管理生产的经验，作为新兴封建主，他们在精神生活上比较富有生气，与京都贵族那种奢侈、昏庸、腐朽、无能的情况形成鲜明对比。因此，这个政权对日本封建经济的发展起了促进作 用，草创这个武家政权的政治代表人物源赖朝、北条义时等采取的一些经济措施，证明了这一点。这说明，在当时的日本历史条件下武家政权和公家政权的一兴一衰是合乎规律的现象。武家政权的出现是日本封建社会发展时期开始的标志。但是，农民没有获得解放，恰恰是武家政权的出现强化了封建统治阶级的国家机器，所以此后封建统治阶级同广大劳动群众的阶级矛盾又有了新的发展。