波斯帝国阿契美尼德王朝建立于公元550年，开国君主是居鲁士大帝。经历了半个世纪的扩张后，前499年的波斯帝国已经成为一个地跨亚非欧三洲的庞大国家，曾经强大的亚述、巴比伦、吕底亚和埃及均泯灭在波斯的铁蹄之下。此时的帝国内部尚未完全消化，可大流士一世却发动了针对希腊城邦的袭击，并前后持续时间几乎贯穿整个帝国历史。
在欧洲史学著作总，这场战争被定性为波斯帝国为了西进扩张版图而谋划许久的入侵希腊的战争，然而这种说法本身却颠倒了因果关系。波斯帝国有意吞并希腊不假，但却并非贪图版图扩张，而是为了稳定原有疆土。那么希波战争的起因究竟是什么，这还得从波斯的扩张说起。
波斯本为伊朗高原西南方向的一股势力，其原本臣服于同宗的米底人，但最终却叛变成功，并继承了米底的实力和邦交。当时亚述势大，巴比伦只得同米底结盟，这种关系延续给了波斯。但此时的亚述已经衰落，波斯却势头正盛。最终巴比伦和亚述皆亡于波斯之手，此后的波斯在居鲁士大帝的统领之下，又征服了古埃及。不过当居鲁士为解决北方草原边患而讨伐游牧的印欧人时，阵亡了。可是北患依旧存在，斯基泰人（又称西徐亚人）作为波斯北方草原民族的统称，盘踞在多瑙河、顿河乃至中亚七河流域一带，阻隔了黑海到草原的商贸通道。
正是为了北伐斯基泰人，大流士一世这才率军进入欧洲的。不过从色雷斯地区北上的波斯军队一直追斯基泰人到了伏尔加河流域，却依旧难以寻觅其主力，只得无功而返。而正是这段时间，两个人物的出现为日后的希波战争埋下了伏笔。原来波斯追击斯基泰人的时候，镇守后方的军队有许多都是刚征服地区的僭主，这些人中曾有两位镇守多瑙河桥梁的僭主被斯基泰人拉拢，想要毁坏桥梁以切断波斯王的归路。其中色雷斯的切索尼斯僭主米尔提亚德斯极力赞同，而吕底亚故地的米利都僭主希斯提亚厄乌斯却坚决反对。此事暴露了波斯帝国对东部地区统治的不稳，以及色雷斯地区离心力的强盛。
大流士知道了这件事之后，给予了米利都僭主欧亚通道要冲处一块封地，却带希斯提亚厄乌斯一同返回了王庭。要知道的是米利都虽然曾为吕底亚的附庸，但实际上却是希腊人城邦，只不过波斯灭亡吕底亚之后一并接受的。小亚细亚的希腊城邦此时的文明先进程度超越希腊半岛上的城邦，原本在一个稳定统一的大帝国之中是能发展的更好，但毕竟有周边独立同胞的策动，因此也常有离心表现。希斯提亚厄乌斯虽然被大流士带走，却秘密谴使让代行自己米利都僭主职务的外甥兼女婿阿利斯塔戈拉斯挑起叛乱，以求自己能以绥靖专员的身份从波斯王庭脱身。不过叛乱之火一旦点燃，就没那么容易熄灭了。
阿利斯塔戈拉斯遵照希斯提亚厄乌斯的命令发动了叛乱，并趁波斯人征集的希腊附庸帮联军尚未遣散之际，逮捕众多僭主，控制住了希腊附庸军的兵权后，煽动这些城邦不对一起反叛波斯。由于米利都位于爱奥尼亚地区，因此这场叛乱被人成为“爱奥尼亚叛乱”。大流士果然释放希斯提亚厄乌斯作为中央绥靖专员前去安抚叛乱城邦，但希斯提亚厄乌斯立刻加入了自己一手策划的叛乱，不过可笑的却是此时的米利都人并不愿意接纳这位自己的僭主，而认为他是波斯人的走狗。
希斯提亚厄乌斯并不介意米利都的排斥，由自己的外甥主持米利都事务与自己担任并无差别。不过他旋即转向曾被大流士分封的欧亚要冲，开始从事海盗活动了。此后的叛乱主要由阿利斯塔戈拉斯主导，为了防止波斯大军前来，他极力说服雅典和厄瑞特里亚出兵援助。这两个希腊本土城邦眼馋波斯吕底亚收服萨尔狄斯的财产，长驱直入的将之据为己有，而后焚毁了整个城池。此事促使波斯与希腊本土城邦之间的关系迅速交恶。
爱奥尼亚叛乱本身就已经动摇了波斯帝国西部边陲的安定，雅典和厄瑞特里亚的行径更像是一伙趁火打劫的土匪。最终波斯还是平定了叛乱，但与希腊半岛城邦的仇怨，尤其是同雅典和厄瑞特里亚的血仇已结。更为重要的是，如果放任希腊独立城邦上蹿下跳，拥有外援的帝国内部希腊城邦亦将长期不得安宁。所以大流士最终决定派遣女婿马多尼乌斯进攻希腊本土，希波战争正式拉开序幕。
马多尼乌斯的进军并不顺利，但其成功收拢了帝国境内的希腊城邦民心，并将马其顿设置为臣服于波斯的一个希腊本土据点。公元前490年，当波斯再次派出大将大提士和阿尔塔菲尼斯两人时，厄瑞特里亚便被夷为平地，其民尽数为奴。波斯人的重点由此转向在雅典身上了。当时的希腊城邦皆知雅典与波斯之间的龃龉，因此就连实力最强的斯巴达都以宗教节日为由头，敷衍了雅典的求援。不过唇亡齿寒，雅典邻邦普拉提亚派兵协防波斯，并在马拉松成功抵御了波斯的进犯。
马拉松战役的胜利给予雅典极大的鼓舞，也使得当时许多希腊城邦开始积极应对波斯的新一轮入侵。而策划指挥这场马拉松战役胜利的正是先前曾经镇守多瑙河桥梁，并意图让大流士有去无反的色雷斯切索尼斯僭主——米尔提亚德斯。他同样参与了爱奥尼亚叛乱，失败之后便逃亡曾派兵相助的雅典，此时却成为雅典的救星。
雅典的幸存注定波斯将会发动新一轮入侵行动，然而帝国边缘埃及的叛乱却让这个时间一过便是十年。此后的希波战争前后拉扯数十年，并又经历了几个阶段而告终。从爱奥尼亚叛乱起，波斯帝国就已经深度介入到了希腊城邦的内斗之中，到了后期波斯更多的以一角势力而非针对全希腊的入侵者身份参与这场游戏了。因为雄厚的财力，在战争中并未占据上风的波斯却在随后的希腊内斗之中居于主导地位。
希腊内斗让波斯人从中渔利，却也将希腊的内乱传导至波斯国内。在波斯对埃及的平乱之中，无论是埃及方面的独立军，还是波斯方面的平叛军中，都有希腊雇佣军的身影。这促使埃及问题和希腊问题成为波斯需要解决的两个扣环。波斯最终在这种死循环中走向了衰弱，覆灭他的是波斯帝国曾经的小弟，亦是希腊本土第一个投靠波斯的势力马其顿。
马其顿的崛起和亚历山大东征所带来的波斯帝国覆灭，其实依旧可以看做是希波战争的延续。如若细算的话，应当是第三场实质性战争。所以说波斯帝国同希腊城邦的纠葛，几乎贯穿了整个波斯帝国时代。
