“辞官纳地”
小御所会议结束时，新政府还没有建立起自己的统治机构，倒幕派也还没有确立起自己的领导权和制订出独立的具体政策。德川庆喜依然拥有实力，山内容堂等公议政体派并没有放弃原有主张。12月10日(阳历1868年1月4日)，尾张藩的德川庆胜、越前藩的松乎春巍到二条城向镕川庆喜传达了小御所会议的决定。德川庆喜以城中人心动摇为借口，表示不能接受朝旨。当天晚上，长州军的先遣部队开进京都，倒幕派声势一振。庆喜认为在京都作战不利，13日迟到关西重镇大坂，调集陆海军，准备反扑。在法国的授意下，德川庆喜在外交上也作了安排：向英法等国宣布遵守和外国签订的条约，企图使外国承认德川政权的正统性。同时他给朝廷写了建议书，以自己为“正”，诬倒幕派为“奸”，要求天皇“清君侧”。
此时公议政体派也大肆活动。山内容堂为实现以德川庆喜为首的雄藩联合政权，12日建议说，王政一新的方针已定，应该赶快解除戒严：建立议事制度；德川庆喜应官降一等，向政府捐献经费在公议政体派压力下，岩仓等被迫解除宫廷内的戒严，只管卫宫门。岩仓、大久保、西乡在公卿、诸侯中间日益孤立。15日，在山内的活动下，制订了议事规则，规定议定会议从全体会议中独立出来，“参与”的任免由议定会议独断。这样就取消了岩仓、大久保的的发言权，而确立公议政体派占压倒优势的议定会议的统治权。在这天的会议上，岩仓强硬主张朝廷直接命令德川庆喜辞官(辞去内大臣的职务)纳地(将幕府领地还给朝廷)。结束尾张、越前两藩主的斡旋。山内容堂等猛烈反对，岩仓被迫屈服。23至24日，朝廷召开会议，讨论辞官纳地问题。决定将“辞官”的“官”改称“前内大臣”；”纳地”改为“政务费用”，经调查领地之后，“凭天下公论确定”。28日德川庆喜向朝廷提出了承诺书。这里所说的“凭天下公论确定”，不外是召开诸侯会议决定，并且允许德川进京任“议定”。这样，政变所取得的成果逐渐消失，公议政体派的反扑日益得逞。
王政复古后，日本资产阶级改良运动面临两个前途：一是凭太政官三职公论来等待改革，一是突破改良运动界限实行革命。在此关键时刻，大久保等资产阶级革命派越过改良主义的藩篱，举起“辞官纳地”的革命旗帜，向封建主义宣战，开创了日本历史的新纪元。
戊辰战争的开始
武力倒幕派为彻底推翻幕府，西乡隆盛计划扰乱江户，迫使德川庆喜挑起战端。集结在江户三田萨摩藩邸的约5百名浪人，或30人或50人一伙，闯入富商宅院，夺取金银，散布谣言。消息传大坂，旧幕府官员和会津、桑名两藩藩士主张立刻与朝廷决战。公元1868年1月1日，德川庆喜制订“讨萨表”，2日，幕军与会津、桑名等藩兵从大坂向京都进攻。当晚，幕府军舰在兵库海面炮击萨藩轮船。这时，岩仓等仍动摇没有反击决心。大久保、西乡等指责朝廷一再失策，坚决要求下决心作战。1868年1月3日中午，朝廷指斥镕川为“朝敌”，决定讨伐。于是以萨长为主力的新政府军和幕府军在京都南郊的鸟羽、伏见接触，全面内战展开。4日朝廷以仁和寺宫为征讨大将军，下令迫讨旧幕府军，旧幕府军1万5千人被新政府军5千人击败，退向淀町(在京都伏见区)。经四昼夜战斗，旧幕府军溃逃大坂。接着大坂也被新政府军占领，德川庆喜与松平容保、松平定敬、老中板仓胜静等乘小船逃出大坂，然后再乘“开阳丸”军舰逃回江户。于是近畿以西各藩宣誓效忠新政府。新政府军胜利的原因在于群众痛恨德川幕府，支持政府军作战；政府军作战目的明确，士气旺盛；津、淀等藩为形势所迫，背离幕府转而群攻幕军。
鸟羽、伏见的炮声一响，立刻摧垮了公议政体保守势力；倒幕派占了优势，取得领导地位。朝廷内的力量对比发生了根本的变化。这次暴力变革的胜利，打开了建立天皇制政权的道路；粉碎了公议政体派所主张的列侯会议(以天皇为首)掌握政权的方案；迫使近畿以西各藩投向萨长方面；促使三井等三都特权商人决定抛弃幕府，以财力支持新政府，继续追讨德川庆喜。
1月7日，朝廷击退了公议政体派山内容堂等的最后挑战，公布讨伐令。剥夺德川庆喜及佐幕诸藩主、幕臣26人的官职，宣布将旧幕府领地列为朝廷领地。任命了山阴、东海、东山、北陆各道的镇抚总督，中国、四国追讨总督和九州镇抚总督。新政府为使天皇政权获得欧美各国的承认，1月15日派使者去神户，向各国公使面交国书。其内容：天皇亲裁内外政事；过去条约称大君，今后改称天皇；承认旧幕府和外国所订条约；对内批判幕府从来的过错，对外采取开国友好方针。各国承认新政府和旧幕府为对等的交战团体，宣告战争中局外中立。但法国暗中文持幕府，英国商人则把大批武器卖给倒幕派。
德川幕府的灭亡
公元1868年(明治元年)1月31日，朝廷宣布德川庆喜为大逆不道的贼臣，并发布讨伐令。2月3日，剥夺了庆喜的官职。6日，新政府改东海、东山、北陆三道镇抚总督为各道先锋总督兼镇抚使，9日由新任东征大总督有栖川宫炽仁亲王和总参谋西乡隆盛等指挥东征。从中旬起东征军以萨、长、土等藩兵为主力的各道先锋军，相继从京都出发。新政府当时还没有独立的财源，内战军费和政府开始依靠三井、鸿池、小野、岛田等大商业资本家的借款和发行政府纸币维持。3月12至13日，东海道和东山道的先锋军分别进抵江户郊区。北陆道先锋军也接近江户。东征大总督召开参谋会议，决定3月15日总攻江户，严处德川氏。新政府为争取反幕势力；1月12日下令“幕府领地今年租税减半”。东山道镇抚总督还发出布告：“年来苦于苛政或有冤者，应无所顾虑向本帅申诉。”此外，西乡隆盛坚决主张德川庆喜应切腹自尽。新政府这些表示，给予受幕府与各藩藩压迫的群众以希望，因此群众拥护新政府作战。
但就在东征军进军期间，新政府就暴露出它敌视革命群众和人民武装的态度。相乐总三从新政府取得宣传年贡减半的命令后，于1月15日在近江组织了以农民为主力的“赤报队”，协助新政府军东征。新政府先是利用，后来随着赤报队影响的扩大，转而进行镇压。东山道总督府竟命令信州各藩逮捕赤报队成员。3月3日，相乐总三等领导人被东山道总督府诱捕处死。
公元1868年3月，幕府领地隐歧岛3千多名农民、渔民爆发反抗松江藩的起义，驱逐“郡代”，成立会议所(自治议会)和总会所(政府),组织自卫军，没收寺院土地分给农民。起初新政府支持群众斗争，许隐歧岛自治。后得知松江藩效忠新政府，便把隐歧岛交松江藩处理，令其镇压起义群众。
在幕府领地飞弹高山，公元1868年1月来此接管的竹泽宽三郎宣布当年年贡减半。但不久东山道镇抚总督府又责怪竹泽擅自允许年贡减半，把他罢职下狱。尽管新政府对待群众斗争的态度前后不一，出尔反尔，令人失望，但关东地区人民群众反对幕府的斗争仍接连不断。从2月至4月，上野、下野、武藏、信浓一带农民纷纷起义，反对幕府征兵课税，甚至捣毁代官衙门和米店。人民群众斗争直接支持了新政府的东征，使东征军节节取得胜利。
2月4日德川庆喜从大坂逃回江户，主战派陆军小栗忠顺、海军根本武扬等要求重新振兴幕府，决一死战，但幕府陆军总裁胜海舟，看到关东地区民心背向的严重形势，认为如果继续和东征军作战，人民群众可能爆发巨变。因而劝说德川庆喜投降。新政府和对新政府有影响的英国，也怕人民起义破坏现存秩序，同意宽大处理。于是互相妥协，4月21B新政府军“无血入城”，接收江户，德川庆喜去水户“谨慎”(实为幽禁)，让田安龟之助(后改名为德川家达)继承德川家，仍给静冈土地70万石。至此，德川幕府。名实俱亡。
内战结束
德川庆喜虽降，但内战还没有结束。首先是名为“彰义队”的反新政府武装、2千人，拥立轮王寺宫，(皇族住持)以上野宽永寺为据点，串通江户旧幕势力继续反抗新政府；5月15日在上野之战，彰义队被军防事务局副知事大村益次郎指挥的新政府军包围击溃。此后内战扩大到东北地方。5月，旧幕府势力以会津、庄内两藩为中心，组成“奥(陆奥)羽(出羽)、越(越后)列藩同盟”，联合对抗新政府。对此，新政府分兵征讨。在北越方面，5月新政府军进攻长冈藩。当时正值该藩西蒲原郡的农民掀起“改革社会”起义，削弱该藩反抗力量，新政府军遂于7月末攻下长冈城。在北越的新庄藩，5月末有几千农民高喊“不许进军，不许和官军作战”的口号，掀起暴动，粉碎了该藩参加“奥羽越列藩同盟”的计划，并迫使藩主归向新政府。7月末，新政府军攻占新泻，属于列藩同盟的北越诸藩相继向新政府投降。
在陆奥方面，9月下旬新政府军依靠农民支持，攻下会津的若松城，结束了本州的内战。12月末，欧美各国取消关于局外中立的声明，承认新政府是合法政府。此后战场转到北海道。
旧幕府海军副总裁(木夏)本武扬(公元1835年—公元1908年)于江户投降后，率舰队帮助奥、羽、越诸藩反抗政府。会津投降后，又率舰(“开阳丸”等8艘)至北海道，占领函馆及其附近的要塞五棱廓，并与大鸟圭
介等的旧幕府军、法国人军事教官、原老中板仓胜静和小笠原长行，以及原京都所司代松平定敬等汇合，统治了全岛。公元1868年12月15日，又建立虾夷岛政权。公元1869年2月，新政府的海陆军进攻函馆。(木夏)本武扬死守五棱廓及其附近的炮台，拒绝新政府的投降劝告。5月，函馆馆市民游击队协助新政府军进攻，(木夏)本武扬被迫投降。至此，历时一年半、史称戊辰战争(公元1868年为戊辰年)的内战，以旧幕府及其残余势力的彻底失败、新政府的胜利而告终。
持续一年半的戊辰战争，最后完成了推翻幕府封建统治，建立起统一的中央集权国家，为在日本实行一系列的资产阶级改革准备了条件。对这场国内战争的积极意义是应当予以肯定的。如果倒幕运动只停留在“王政复古”的变革上，不可能从根本上瓦解公议政体派势力；如果倒幕派不进行革命内战，就不可能击溃旧幕府及其残余势力；如果新政府不以武力打瑚日幕府政权，英法等国也不会承认新政府是日本唯一合法政府。只有通过这场革命内战才能把日本从腐朽落后的封建统治下解放出来，为日本建立统一的近代国家奠定基础；只有革命内战才能把日本从半殖民地化的危机中挽救出来，为日本建立民族独立国家创造条件。