公元1565年，戚继光会同俞大猷领兵三万，对盘踞在广东地区的倭寇发起了最后的决战。两军对峙三月有余，戚家军水陆并进，大破倭军，斩敌15000余人。溃败的倭寇慌不择路，拼命向海边逃窜，为了能抢先登船，他们相互践踏，不少倭寇被自己人踩死，横尸海上。第二年，戚家军追讨倭寇残部，尽焚其船，走投无路的倭寇头领被逼自杀，为祸东南沿海多年的倭患终于被一举荡平。
当戚继光问心无愧地喊出那句“封侯非我意，但愿海波平”时，他的抗倭前辈朱纨终于可以闭上蒙受了不白之冤的双眼。16年前，这位执着的老书生，凭借一己之力痛打了盘踞在双屿岛上的倭寇，却遭到福建当地官员的诬告，含恨自尽。
为民请命的朱纨为何蒙冤?东南沿海倭患为何愈演愈烈?这一切的秘密都隐藏在16年前的那场“双屿岛之战”中。
一、走私基地
福建多山，可耕地有限，步入明中期后，现存的土地不足以养活日益庞大的人口。福建人头脑灵活将目光投向了海洋，开展对外贸易，向海讨生活。
这种不为政府添负担，自发地解决就业问题的行为，不但没有被朝廷鼓励，反而因为违反大明祖训“片甲不得入海”而被勒令禁止。浑不怕的福建人将贸易转到地下，与日本、葡萄牙等商人勾结，形成了一套完整的走私网络。走私利润相当惊人，一年所得远超耕地，吸引了更多人加入到这个行列中来。
尤其是福建当地的土豪，他们手中握有大量田产，靠着耕读传家的传统，通过科举入朝为官，并逐渐在朝堂中形成了一个以福建人为主的小帮派。在朝，他们官官相护、党同伐异;在家，他们相互勾结，形成地方势力。眼看着搞走私的乡里乡亲都发财了，土豪们坐不住了，决定“下海”一起干。通过土豪们的牵线，走私集团打通了官场，通过行贿、入股等方式将走私行为半公开化，势力蔓延到浙江地区。
嘉靖初期，走私集团在浙江舟山的双屿岛上公开建立起了一个走私基地。双屿岛东西两面各有一座海拔超过250米的高山，两山中间有一块宽度超过20公里的空地，用于货物集散，一道南北走向的河流穿岛而过，船舶入港非常便捷，大量搞走私贸易的小商小贩集聚于此，逐渐形成了规模经济。
到了嘉靖中期，双屿岛附件海面上每日已经停满了等待入港的外国船只，巨额的财富将全世界的人吸引至此，岛上也有海盗作为武装力量维持秩序。中国人、日本人、葡萄牙人、东南亚人穿梭其间，这里成了冒险家的乐园。
二、大破双屿岛
1545年，一位名叫汪直的中年人乘坐葡萄牙人的商船来到日本。汪直原是安徽人，年轻时做盐商亏了本，无奈之下来到双屿岛讨生活，很快与当地海盗打成一片。汪直此次乘船来到日本，是受到当地藩主松浦隆信的邀请，前来商讨贸易问题。
松浦隆信一直希望能与大明通商，无奈因为“宁波争贡”事件，大明对日本展开贸易制裁禁止日本商船来华。双屿岛走私贸易的繁荣让松浦隆信看到了希望，大明的商品在日本可是奢侈品，利润惊人。双方谈得非常投机，松浦隆信决定派三名日本武士协助汪直，汪直亲手将日本倭寇带进了国门。
1547年，朱纨出任浙江省长并兼任福建、浙江两省的海防最高长官，负责整治双屿岛上日益猖獗的走私问题。因为那时候小股的倭寇已经频繁骚扰东南沿海，对大明王朝的赋税重镇造成了不小的威胁。
朱纨不是那种天天坐在书斋里的读书人，他通过积极地走访了解到，双屿岛走私规模如此庞大主要和四类人有关。
第一类，沿海地区的农民。他们绝大部分人是被走私中惊人的利润所吸引。平时充当水手，出洋贸易，在官府缉拿时，充当海盗与官府对抗;
第二类，福建、浙江两省的土豪。他们负责出资建造足够远洋的大船，购买用于贸易的货物，参与分股。
第三类，福建、浙江两省的官员。他们接受土豪们的贿赂，充当走私贸易的保护伞，一旦有风吹草动立刻通知双屿岛。
第四类，双屿岛上的外国人。他们中以日本人最为活跃，因为当时日本正处在动乱之中，国内民不聊生，大量破产的武士纷纷渡洋参与走私，主要充当杀人不眨眼的海盗。
在了解完情况后，朱纨深知双屿岛绝不是一个简单的走私基地，里面牵扯到的利益面极广，牵一发而动全身，如果这次围剿行动做的不够严密，必然遭到他们疯狂的反扑，后果不堪设想。
于是，老道的朱纨第一步就要根除走私集团中的海盗来源，他颁布了保甲法，让当地百姓相互监督，只要一家参与走私，连同邻居全部倒霉;第二步，围剿双屿岛，将上面的走私集团一网打尽。
1548年，为了防止消息外泄，朱纨没有调用浙江当地的军队，而是从福建水师调了1000人，并选用了浙西民兵1000人，共计2000人发动突然袭击。在半途水师遭到了海盗船的抵抗，纠缠了一会后，成功在双屿岛登陆，完成合围。
接下来的战斗如摧枯拉朽一般，仅用一天就全部结束，岛上大批欠下中国百姓累累血债的日本倭寇成了明军的刀下之鬼。中国海盗头领许栋也被活捉，在巨大的胜利面前，朱纨没有被冲昏头脑，而是令军队立刻沿海扫荡海盗窝点。然而百密一疏的是汪直在乱中逃脱了，一路狂奔到日本，请求松浦隆信收留。
在日本人支持下，汪直开始疯狂招募当地的倭寇，积极打造战船，形成了一支颇具规模的武装力量。他本人自称“五峰船主”，躲在日本一边舔拭伤口，一边磨刀霍霍等待东山再起的时机。
三、自毁长城
朱纨的“双屿岛大捷”摧毁了明嘉靖年间最大的走私基地和倭寇据点，也因此得罪了福建、浙江两地的土豪和官员这些土豪岂是好惹的?你让我血本无归，我让你滚蛋回家!他们发动朝中势力诬告朱纨擅杀良民，民怨极大，经过几轮的弹劾，朝廷终于相信了，勒令将朱纨革职查办。在家中，愤愤不平的朱纨决定以死明志，保全名节，毅然服毒自杀，终年55岁。
朱纨死后，福建的土豪弹冠相庆，压在他们头顶喘不过气来的“石头”终于被一脚踢开了。躲在日本的汪直率领倭寇卷土重来，沿海烧杀抢掠，强奸民女，无恶不作，他们将劫掠来的物品高价卖给葡萄牙人或带回日本。
倭寇之乱变得不可收拾，直到戚继光的横空出世。
四、隆庆开关
倭寇之祸，不仅仅是简单的海盗行为，背后隐藏的是两千年来封建王朝的通病：人多地少。大明承平日久，人口增长，现有的土地无法满足人均耕地的需要，失去了生计的农民铤而走险加入走私集团。
如果大明王朝的统治者能把走私变成合法化的贸易，给沿海参与走私的百姓一个合法的身份，改堵为疏，或许后期就不会有倭寇之祸。短视的统治者只是用了最简单的镇压手段，将走私者逼成海盗，被迫用武力与朝廷对抗，也可以看作是官逼民反。
而大明王朝万万没想到的是，日本人居然也趁此时来浑水摸鱼一把，跟在中国人的队伍后面狐假虎威大肆掠夺，其实区区数千倭寇岂是我大明对手?只要国人上下一心，将国内问题解决掉，倭寇形迹暴露无遗，待天兵一到，化为齑粉，倭寇之乱自定。
1567年，隆庆帝登基，于当年宣布解除海禁，鼓励民间贸易，走私集团终于取得了合法身份。东南面貌为之一新，倭寇失去了生存的土壤。
倭患永绝。