此时的北京城刚刚饱受鼠疫的蹂躏，这场烈性传染病首先出现在山西的兴县，然后经大同，传播到潞安，接着传播到陕西榆林等地。崇祯十四年，鼠疫已扩散到河北大名府、顺天府等地。到崇祯十六年，也就是1643年，北京城也发生了鼠疫。
这场瘟疫对于风雨飘摇的大明王朝来说，无异于雪上加霜，地方志上有“瘟疫，人死大半，互相杀食”的记载，北京城也好不了多少，到了崇祯十六年四月，北京每天死人上万，城门都被运棺材的队伍堵塞了，沿街的居民，死亡比例高达十之六七，街上连玩耍的小孩都见不到了。
数据统计显示，北京共计20万人死于鼠疫，而当时北京的人口总数在80万到100之间，也就是说每五个人中，就有一个人死亡。当时的北京城到处流传着白衣人勾人魂魄的说法，一到晚上，老百姓整夜敲击铜铁器驱鬼，“声达九重”。
紫禁城也未能幸免，刚开始宫中每死一人，能得到四千钱的抚恤，后人由于死人太多，加上国库空虚，这笔抚恤也取消了。
当时守卫北京城的军队，名义上有10万，其实剩下不到一半，按照明朝遗民张怡的说法，能上城墙防守的士兵，连一万人都凑不齐，守城将官实在找不到人来守城，崇祯只好抽调三年太监上城墙。
李自成进攻北京的时候，北京内城上五个城垛一个士兵，而且都是鸠形鹄面，充数而已。
至于李自成是如何进入北京的，有人说是因为太监曹化淳开城门，其实这是无稽之谈，当时的宫中侍卫王世德明亡后著书《崇祯遗录》，书上明确说：“野史云宦官献城，非也”。当时守城的3000太监作战还算勇敢，基本上都牺牲了。
李自成进入北京的时候腺鼠疫基本平息，肺鼠疫的传播需要较低的气温条件，而当时已经是三月份，天气转暖，肺鼠疫因此未能流行。
如果没有这场鼠疫，北京城就能组织有效的抵抗，从而等来吴三桂等人的救兵，对李自成的军队形成合围之势，当时李自成的军队只有三万人，没有后勤补给，结局如何，很难预料。
堂堂大明王朝，竟然惨到连守城墙的士兵都凑不齐，真是让人不胜唏嘘。