幕府与天主教的矛盾
天主教在日本传教事业的发展逐渐扩大了教会和幕府间的矛盾。从幕府的立场看，天主教在两个方面是和幕府统治根本对立的。首先，天主教教义上坚持上帝是最高权威，上帝面前人人平等，这和以将军为最高主宰、严分身份等级的幕藩体制完全不同；天主教排斥异教，否定神佛信仰，认为上帝是天地万物之主，应该服从上帝，而不应该服从父母、主人、君主。这对自称“神国”的日本和被尊为“东照大神化身”的德川统治者来说，更不能容忍；此外，天主教反对日本武士的切腹、多妻制，都直接和日本统治阶级的传统对立。其次，教会活动的性质也日益增加幕府的恐惧。西方殖民主义者一贯利用天主教会充当它侵略扩张的工具；这是当时日本人在东南亚目睹的事实。早在16世纪中叶，九州地方信仰天主教诸侯大村纯忠将领地横濑浦向葡萄牙人开港(公元1562年)，不久又将领地长崎、茂木献给耶酥会(公元1580年)。耶酥会将长崎和澳门间葡商生丝贸易的一部分利润和教会领地上的租赋作为教会的财源，开展教会活动。虽经丰臣的禁教，但到德川时代前期，大量信徒形成坚强组织。教会通过商人把武器供给南方诸侯，这对正谋建立强大统一政权的德川幕府，不能不是严重的威胁。而当时新教国英、荷商人为压倒竞争者，不断中伤西、葡，说两国教士在利用教民征服日本。幕府联想到不久前佛教一向宗领导长达11年的农民起义(公元1570年—公元1580年)，深恐丰臣氏遗族及反德川势力利用天主教徒的组织力量发动暴乱。同时天主教徒在受到权力的镇压时那种不怕死的行为使幕府畏惧，深恐“把日本变为魔国”，于是决心采取强力措施来扑灭天主教。
禁教的实行
幕府为消灭丰臣遗族，决定禁绝天主教的活动。当时幕府已可由信奉新教的荷、英商人保证外贸的利润，所以对天主教的主要支持者西葡两国在日本的势力不予重视。庆长17年(公元1612年)3月，断然发出禁教令，以幕府直辖领地的都市(静冈、江户、京都、长崎)为对象，公元1613年又下令全国禁教。幕府的“教渝书”指出：“日本，神国、佛国也。基督教徒党传邪法，谋政变以夺国，违法令，谤神佛，礼拜罪人(指耶稣)，祟倍有加，应予严禁。”同时在京都、伏见、大扳、界等地破坏教堂，逮捕教民，强迫改宗。庆长19年(公元1614年)，各地诸侯对教士和教徒全面镇压。同年9月，明石(神户附近)地方有名的丰臣派天主教诸侯高山右近等148名教徒拒绝改宗，被判处流放到马尼拉。京都、长崎、大阪等地拒绝改宗的，捆缚在草席和蒲包里，露出脑袋游街。妇女被棵体示众，或送往妓院当妓女。这些对教徒的人身侮辱和剥夺身份是日本封建社会惯用的野蛮刑罚。据帕·杰斯的《日本天主教史》说，有些男女教徒毫不留恋地将自己包在蒲包里，挤进犯人行列，表示舍身殉教决心。当时信徒中武士多，特别在西南诸藩，这也许是禁教初期幕府采用身分刑的理由。幕府发现消灭大坂丰臣势力的两次决战(公元1614年冬、公元1615年夏)中，教徒参加丰臣一方，于是决心禁绝天主教，以肃清反幕力量。诸侯慑于幕府威势，怕蒙丰臣派罪名，相继出具改宗字据，转而镇压天主教。诸侯的家臣、武士、农民，也根据主从关系，分别向所月上司提出“不背主义”字据，作为改宗理由。各级武士还得层层向上司递交保证部下及家属非教徒或改宗的证明。由此幕府掌握了对全国武士和人民思想的统治实权。
“大殉教”
元和2年(公元1616年)4月，德川家康死，他在死前消灭了丰臣遗族一家。8月，幕府对各诸侯颁发了所谓“元和2年禁教令”，要全国上下直到农民，铲除教会、严禁信教，除明船外，信教的外国商船一律只限在平户、长崎两地经商。荷英两国人则不准在内地经商、居住。这一命令把禁教和统制外贸结合起来，已经显露了锁国的开始。幕府所以在这时加强禁教，无非为防止家康死后可能发生的内乱，以“耶酥为夷狄之邪法”作借口，威胁各地诸侯彻底归顺“神国”日本的将军秀忠。幕府这一禁令，使禁教进入一新阶段，对教会的迫害扩大到一般教徒身上。规定窝藏教士的人，火刑处死，没收家产。由五人组作连环保。于是九州地方不少教徒乃至暗中支持他们的人陆续被捕杀。公元1620年，一艘从马尼拉回日本的朱印船被英荷商船队在台湾海峡捕获，报告了幕府，船上载有两名西班牙籍教士，连同船长日人平山被百般拷问，两年后(公元1622)在长崎受火刑，船员12名被斩首。事后不到一个月，幕府又在长嫡集体屠杀外国教士。日本教徒及被牵连的朝鲜人、中国人55人，世称“大殉教”。
各地诸侯为保全身份地位，都对教徒进行迫害。估计从元和5年(公元1619年)到宽水12年(公元1635年)，被处刑的日本教徒为数约达28万人。刑罚极其残忍，结果大部教徒被迫改宗。但仍有一部坚持信仰，参加称为“组”、“讲”及“众会”等秘密的信教组织。这些教徒被捕处刑时，还迷信“抵抗而被杀就不算殉教”的教条，毫不抵抗地死去。由此幕府更加感到天主教的危险，宽水5年(公元1628年)起，越发加强禁教，甚至实施“踏绘”的办法。但迫害愈厉害，反抗力量也愈大，不久就在长崎地区爆发了大规模的岛原起义。
宽永禁令
德川幕府的对外政策由积极的贸易开放转变为闭关锁国，主要基于两方面的原因。首先是天主教问题，这涉及从思想意识直至政治和国防的重大关系，必须加以禁绝，包括断绝日本和海外的交通，已如上述。其次是贸易统制问题，这关系到幕藩封建统治的基础。对外贸易发达必然促进国内工商业繁荣，从而破坏自给自足的领主经济。加以西南诸侯和豪商经营外贸日趋富强，也威胁幕府安全，因此必须统制外贸。幕府为保证其封建剥削体系，必须在小农经营的条件下，榨取实物地租，通过货币经济，促进农业的再生产。幕府于公元1630年起积极建设三都(京都、江户、大扳)，扶植特权商人，奖励各地商业性国产物的生产，使三都起中央市场的作用，由此控制了全国经济。与此同时，开始实行全面锁国，逐步限制并独占了对外贸易。
幕府的锁国政策是逐步展开的。如上所述，公元1616年即所谓元和2年禁令只是禁止外船(除明船外)在乎户、长崎两港以外靠岸。公元1620年，禁日人搭乘外船航海及输出武器；公元1622年屠杀外籍及日本教士后，次年驱逐葡人出境；公元1624年禁止西斑牙人来日通商。宽永10、11年(公元1633年——公元1634年)，幕府发布第一、第二两次锁国令，实行“奉书船”制度。规定除持有特许证的船外，严禁日人日船出国。同时，严格统制外贸，外船来日本，立刻受监视，限期交易，到期离境，丝价由长崎确定(其他商品按生丝标准定价)，禁止官吏直接购买外货，还严令拘捕西、葡籍(南蛮人)教士，规定告发教士者的奖励办法。结果朱印船贸易只为幕府特许商角仓、茶屋(京都)、末吉(大阪)，三浦按针等七家独占。生丝特许证制由界、长崎、京都及江户、大坂的商人加强了统制。宽水12年(公元1635年)发布第三次锁国令；禁止包括特许船在内一切日船驶往海外，侨外日人归国者，不问理由一律处死。宽水13年(公元1636年)发布第四次锁国令，除第一次禁令内容外，又增加了西、葡人在长崎所生子女及收留或匿救这些混血儿童的人一律处死的罚则，以及加强搜捕外籍教士的规定。这样，随着禁教而加强的外贸统制逐步严厉，经过岛原起义的镇压，最后完成了德川锁国的体制。锁国体制的成立意味着国家垄断海外贸易关系的形成，它和日本对朝鲜、琉球、阿伊努(北海道)的华夷秩序建立一起，成为幕藩体制国际关系的准则。
肥前领主对农民与教徒的迫害
九州肥前(长崎)的岛原半岛原是战国时代天主教诸侯有马晴信的旧领地，有着不少热烈信仰的教徒和关原、大板等战役后躲避幕府追究流落此地的浪人。德川初期，由于藩主有马直纯禁教无效，幕府于公元1616年将岛原转封给松仓重政，有马的武士都成为农民。重政到任后，为巩固权势，7年间筑起坚固的岛原城堡和市街港湾。为取悦幕府，领地收入仅4．3万石的重政，却为兴建江户城而要求承担10万石的劳役，使农民疲于奔命。元和7年(公元1630年)，他丈量本藩耕地，清理出比原有石数多出60％的地亩，课以高达收获量6成的年贡，并苛征杂税，盘剥农民。同年重政死，其子胜家变本加厉，对农户经济作物、手工生产品及工具等都课税，甚至牛马驮货、生炉子、装窗户、安葬、生子等等，无不要捐．税。对无力完纳的，便处酷刑，如拉走妻儿，将孕妇扔进水牢或裸体倒挂。更有一种名为“蓑衣舞”的刑罚，使岛原人民无法活下去。岛原南面的天草岛，本是天主教诸侯小西行长旧领地。关原之战，小西灭亡后，幕府把天草划归唐津(佐贺县西北)藩主寺泽领有。这里是天主教在日本的发祥地，丰臣禁教后还将神学校、修道院等移来，传播西洋文化。寺泽领得此地后，立刻丈量出比原来多出2倍的耕地，增征许多捐税，在岛西北筑富冈城堡，从唐津派官来这里统治。
岛原新领主父子两代除掠夺农民外，疯狂镇压天主教民。从元和4年(公元1627年)起，松仓一族镇压教徒达8年，用种种酷刑(灌凉水、铁笼烤、烙印、摄指、洞里倒挂、针扎、竹锯肢体、沸水煮)，实行最残暴的恐怖迫害，受难者达数干人。天草岛上领主寺泽父子的迫害教民也极残酷。与此同时，教徒秘密组织(组、讲、会等)也遍布全岛，进行了沉默的抵抗。
岛原起义
岛原、天草两地自公元1634年以来，天灾不断，农民吃树皮革根充饥，多次向藩府借米，两家领主毫不过问，只用严刑逼租。宽永14年(公元1637年)10月，岛原南端津村的农民与三右卫门请求缓付没有交齐的一部分租谷，松仓的家臣田中宗夫立刻将右卫门的怀孕的妻子囚入水牢，她已到临产期，泡在水里6昼夜，婴儿出生便断了气。右卫门和亲友群众为这种暴行逼得忍无可忍，汇合了七、八百人包围并放火烧了田中的邱宅。田中逃进城堡，百姓迫到城堡外，烧了市街。右卫门妻家就在对岸天草岛上，天草的农民也愤而参加起义。由此看来，事件从开始就是一场农民针对领主苛政的反封建斗争。
群众推举了一位勇敢而有才智的16岁青年天草时贞(四郎)作首领。他到全岛各地宣传，农民们和被杀教民的遗族都聚集山中、海岛开会，宣誓起义。这些多年受苦的庄屋(村长)、旧藩浪人武士，在起义中发挥了核心作用。10月22日，岛原藩2名捕吏带兵25人到有马村，逮捕2个教徒家属。有马村代官(藩吏)林兵
有卫门探悉该村农民佐志木左卫门礼拜天主像，大怒，破门而入，浇掉画像，同时将他因拖欠年贡捕去抵押的女儿，脱下衣服，用火把拷问。在场的四、五个农民，愤而用农具杀死了林兵右卫门。于是浪人武士善右卫门宣告，“立刻杀掉各村藩吏”。岛原南部各乡纷纷响应，杀藩吏，烧寺庙，10月25日开始了武装暴动。
10月26日，起义军2000多人粉碎了藩署派来镇压的军队，包围了富冈城，在天草四郎的领导下，两地大部分地区已为起义军所控制。参加起义的群众十分广泛，岛原南部13乡全人口的80％参加。其中6乡不论男女老幼一齐参加起义军。从阶级成分看，除农民外，还有手工业者和藩主的奴仆，有天主教徒，也有佛教徒。一些上层农民，如上述的庄屋(村吏)、因失去旧藩主而沦为农民的浪人武士，担任了起义军的指挥。当时被围困在岛原城内的藩吏，飞报幕府和正在江户的藩主松仓胜家，并向邻藩求救。但各藩都观望不前，将军德川家光接报，惊呼这次起义“如昔之一向宗”，忙令正在江户的一些西南藩主赶回本藩，防止蔓延，并调兵遣将前往镇压。
11月中旬，天草的起义军3．7万人(包括妇女儿童)正在攻打富冈城，得悉幕方大军就到，退入岛原南端的旧城堡——原城。12月9日幕军包围原城，3次发动总攻击。起义军用火枪木石反击，当时特产的“有马步枪”命中率很高，幕军伤亡很大，幕府专使板仓重昌在1638年元旦的总攻中校击毙。正月初三，幕府宰臣松平信纲赶到岛原，调集各藩军12万余人，加紧围攻原城，同时勾结荷兰军舰，从海上炮轰原城，但始终没有攻克。
由于起义军长期困守孤城，终于粮弹告竭，只能吃草根树皮。2月21日，起义军实行反攻，因双方力量悬殊，没有成功。2月17日幕军全面总攻，起义军一边祈祷进入天国，一边拼死抵抗。28日幕藩军队付出了死1700人、伤万余人的代价才攻陷原城，时贞以下主要人员全部战死，被俘义军包括婴儿母子全部被残酷杀害。岛原天草义军在日本农民革命史上写下了英勇悲壮的一页。
岛原起义是幕藩体制确立时期发生的大规模农民武装起义。它是由幕藩领主妄图把农业先进地区业已大量存在的小自耕农重新沦为农奴的倒行逆施引起的，是以备受封建压榨的农民和浪人武士为骨干，借助天主教组织，反对幕藩统治的一次大起义。这次起义展动了幕藩领主的统治，幕府动员18个藩十几方人的兵力，
仅幕府就耗损40万两军费。
岛原起义是被着宗教外衣的农民革命。农民据弃过去天主教宣扬的忍从、殉教等不抵抗思想，努力传播通过武装斗争，建立地上“神国”的思想。这是对封建制度的一次巨大冲击，是有鲜明的反封建性质的革命斗争。
锁国的完成
通过岛原起义，德川幕府不单认识到对外贸易对封建经济的威胁，而且更理解到外来宗教对幕藩统治的威胁，由此实行持续200多年的锁国体制。宽水16年(公元1639年)幕府发布第五次也是最后一次锁国令。全面禁止外船来日，命各藩检查航行船只，提高密告外船走私入境者以3倍的奖金，并禁绝国外教会对日本教民的一切联系与影响。宽永18年(公元1641年)，将同基督教传教无关的荷兰人一律转移到长崎的出岛)，限制外文书籍进口，连朱印船贸易也禁止了。日商受重大损失而破产。锁国后，幕府只限长崎一港，准许中国、荷兰船舶通航，独占了与日本的的贸易。由此日本的外交和贸易全部被置于幕府统制下。输入品中占重要位置的生丝交易则被持有生丝特许证的豪商集团(“丝割符仲间”)独占。
锁国时因贸易额没有限制，所以奢侈品的输入，金银铜外流的趋势，长期没有变化。但金银铜的产量渐减，继续外流会减少国内通货，贞享2年(公元1685年)后，不断限制贸易额并取缔走私。正德5年(公元1715年5)，幕府颁布“海舶互市新例”(正德新令)，对贸易限制作了全面安排。规定每年中国船限30艘，银6000贯；荷兰船限2艘，银3000贯。这一限额一直实施到元禄年间(公元1688年—公元1703年)。此后，金银生产减少，国内产业发达，丝、糖、工艺品等重要进口货浙能自给，外贸额自然下降。
整个锁国时代(公元1633年—公元1857年)幕府强迫天主教徒改宗佛教。如上所述，每个日本人都必须固定一个寺庙作为他的“擅那寺”由寺院证明他是某一佛教宗派的信徒。寺院掌握了信徒的“改宗户籍”，成为幕府统治人民的工具之一。当时称这样的制度为“寺请”或“擅家”制度。
锁国的历史影响
公元17世纪西欧殖民主义者东侵，印度、印尼、马来亚、菲律宾等国相继沦为殖民地。东亚还保持独立的中日两国，国内商品货币经济都开始发达，阶级分化，反封建斗争逐渐高涨。统治阶级一方面加强中央集权，抑制商品经济，镇压人民斗争，同时对西方殖民主义者的军事侵略和经济文化活动，特别是国内外敌对势力的结合，采取了严厉防范的方针。对外贸易，一般都由政府独占，作为国家财源之一。为此取缔国内外走私商人，形成了一套锁国政策。中日两国所不同的是，明清两代统治者使官营贸易表现为传统的朝贡形式，其他往来一律禁绝。日本的锁国则采取积极防止旧教国的侵略，禁绝天主教，取缔海盗和独占海外贸易。两者都是封建集权国家为克服内外矛盾，维护统治而执行的闭关自守政策。
日本锁国的后果如何?论者见解不一。有的从侵略者的角度出发，惋惜锁国使月本成为一个“蓑虫”(龟缩网里的虫)，露出头来时，世界大势已定，坐失瓜分殖民地的机会。有的从文化史观出发，指出：日本人由于锁国，以致未能汲取欧洲理性主义的精神，日本民族也就因缺乏科学精神而致战败。似乎日本帝国主义的失败只是因为锁国妨碍了科学发展。有的认为锁国政策有“自卫”的一面，并且认为东亚国家沦为殖民地较晚，是由于坚持锁国，特别是日本因锁国而使幕府得以维持两个半世纪的独立统一的政权。因长期的和平，多少给日本以封建生产力发达的条件。但锁国也招致日本在国际上的孤立，坐失早日转向近代化的机会，“都市文化由于资产阶级精神的发展受阻，以致形成一种夜郎自大，缺乏民族积极性的‘岛国根性’，这正是闭关社会所不可避免的特有的畸形性。”
我们认为，对于日本幕藩统治阶级，锁国是历史的必然。因为在当时日本国内外条件下，不锁国便很难维持封建自然经济的基础和不受殖民主义的侵略。同时幕府由于严格控制对外贸易，还迫使国内商工业完全屈从于封建势力，加强对劳动人民的剥削，防止武士同农民结合起来进行反抗。但是，锁国本身必定严重阻碍商工业的发展，堵塞西方科学技术和进步思想的输入，延缓了日本资本主义的发生，使日本的近代化比西方足足落后了2个多世纪。明治维新不得不被着“尊王攘夷”的袍笛登场，日本资本主义制度也就无法摆脱封建残余的长期困扰。