清朝在蒙古地区建立的盟旗制度是仿照满洲八旗的形式，在蒙古原有的“鄂托克 ”、“爱马克”等组织基础上形成的。早在后金政权时期，就建立了盟旗制度的初步形态。努尔哈赤建立了蒙古八旗，最初的蒙古八旗不分部族，所有户口都要编进去。到了崇德元年(1636年)皇太极正式编定了蒙古八旗，并设置了蒙古衙门，崇德三年(1638年)改为理藩院。盟旗制度的主要内容包括封爵、编佐、置旗、设盟、置官等几个方面，它相当于清政府在蒙古地区设立的县级行政单位，蒙古各部都要被编入旗中，各旗互不统属，并设有旗界，旗民不能随意逾越牧地，
盟旗制度中的“盟”、“旗”不是简单的从属关系，旗本来是“鄂拓克”中一种军事组织形式，在盟旗制度中，“旗”的性质是清朝在蒙古地区的治事机构，属一级政权组织，兼行政、军事、经济、司法等于一身。每旗设札萨克(旗长)一人管理旗务，札萨克产生于本旗王公贵族中经理藩院上报，可以世袭。“盟”负有对各旗的监督职责，但不能直接干预旗务。
盟旗制度的推行，对清朝在蒙古地区的统治起了至关重要的作用。其意义主要表现为几个方面：
一、巩固了清朝中央政府对蒙古的统治。盟旗制度与原有的“鄂托克”不一样，每旗的成员不是按血缘关系划分在一起的，而是重新进行了分配，因此它打破了蒙古原有地缘血缘组织，削弱了原来各氏族部落的凝聚力，且各旗人员间不能随意往来，因而对清朝的威胁大大减少。
二、加强了蒙古各部落对清王朝的向心力，盟旗制度下由蒙古的王公贵族担任各旗旗长，他们享有特权和较高的身份地位，并拥有征收属地赋税的权力。
三、盟旗不仅具有行政权力，还有军事权力，对内可以团结各旗人民、保证各盟旗的安定团结;对外作为统一的军事组织，可以抵御外来入侵，起到维护边疆地区和平稳定的作用。