他家本是书香之家，但是父亲早逝，过继给了伯父，然而伯父也去世了，家境十分贫寒，母亲每日替人家做针线活，家中度日十分艰难。
九岁的时候，他进入了私塾读书，直到十五岁的那年，改变他命运的一刻到来了。
光绪十一年(1885年)，直隶总督兼北洋大臣李鸿章在天津建立北洋武备学堂，从各军选调中、下级军官集训深造，他的部下叶志超就向各镇调任官员，朝阳镇总兵杨瑞生开了一张报送单去，里面的人是要去培训学习的，其中有一个人因为自己年纪大，不愿意过去，于是杨瑞生便让马弃顶替了这个人。
从此，马弃终生使用了这个名字，这个名字就是后来鼎鼎大名的王士珍。
王士珍才华很高，袁世凯在天津小站练兵，请朋友推荐人才，朋友便推荐了他的得意弟子王士珍，王士珍本人其貌不扬，平常也是不爱说话，不苟言笑的样子，袁世凯初见王士珍，并没有高见他，任命了他为督操营务处会办兼讲武堂总教习，但是王士珍后来的办事能力大大惊讶了他。
王士珍的智谋几乎冠绝整个北洋系，袁世凯如获至宝，后将他升任为小站留守司令官，在北洋，王士珍算得上是二把手。
王士珍感谢袁世凯的知遇之恩，忠心耿耿，无论做何事都是十分周到，以致后来，袁世凯事事都要询问王士珍，世人称王士珍是袁世凯的“龙目”，就是因为袁世凯将所有的重要文件都让王士珍先过目，可想而知，当时的王士珍是多受重用。
他学贯中西，练兵是以德国陆军的方式操练的，模仿近代德国的训练模式，将军队训练的十分强悍。
之所以这么称呼他们，是因为当时袁世凯在练兵时请来了德国的总督，总督见王士珍、段祺瑞、冯国璋训练的新军操练娴熟，于是称呼他们三人为北洋三杰。
而袁世凯也曾说："王士珍乃北洋第一军事人才也。"