万历二年(1574年)，张居正的长子敬修参加会试落第，据说是因为海瑞的一封信所致。养病闲居的海瑞，听说首辅张居正的长子要参加会试，担心张居正从中做手脚以促使儿子高中，所以就给主考大学士吕调阳写了封信说：“今年春，公当会试天下，谅公以公道自持，必不以私徇太岳(张居正号太岳);想太岳亦以公道自守，必不以私干公道也。惟公亮之!”不知这封信起了多大作用，反正敬修落选了。张居正很生气，便不准那年的进士馆选。
所谓馆选，是指不定期从进士中挑选庶吉士进翰林院培训。庶吉士被称为“储相”，那一届的进士受了池鱼之殃，丧失了做“储相”的机会。
三年后，张居正的次子嗣修高中榜眼，赐进士及第。
这里边也有一个小插曲：嗣修于万历五年参加会试，张居正派堂弟约见参加同场考试的江南才子汤显祖和沈懋学，因他们早已是小有名气的人物，所以张居正希望他们能与嗣修共同学习，以此抬高自己儿子，并允诺将汤、沈取在前三名。结果汤显祖拒绝，因此名落孙山;沈懋学应允，就当了状元。
还有一种说法是，副宰相张浦州主持阅卷，初定名次嗣修在二甲第一，也就是总第四。按程序，试卷还要呈送皇帝钦定。张居正早已买通了皇帝左右的太监，让太监把送上去的前两名的卷子挪到第四，把原来的第三、第四摆在上面。皇帝照太监捧来的卷子顺序一念，便成了定局。于是，嗣修由二甲跳到了一甲。张居正为此向皇帝谢恩时，万历帝回答得也挺坦率：“先生大功，朕答不尽，只看顾先生的子孙。”
再过三年，到了万历八年，六年前落第的老大敬修和三弟懋修一起参加会试，都成为进士，而且老三是状元。明人沈德符在《万历野获编》中说，廷试试策为张居正所出，张将策题告诉了儿子，使儿子得了状元的功名。父亲出题儿子考，那还能不出彩?
可是，聪明反被聪明误。张居正利用手中权力，为儿子科场舞弊，本希望儿子们飞黄腾达、仕途得意，结果却弄巧成拙。万历十年六月，张居正两眼刚闭，反对派就在皇帝的默许下开始发难。张居正被罗织罪名，满门查抄。抄家时，长子张敬修不堪严刑逼供之重负，自缢身亡;三子张懋修投井自杀未遂，又绝食未果;其他几个儿子也都被罢官、剥夺功名，充军烟瘴边地，贫病交加，最后都死得很惨。
功高盖世的张居正之所以身后一败涂地，除了他树敌太多、改革峻急，还有一个原因，那就是私心太重，太为几个儿子打算，“濒危悁忿愈甚，恋恋权位，荐人挤人，至死不休，则多男子多后顾累之也”。所以，识者感慨他“功在社稷，过在身家”，可谓一语中的。