龟蛇本为真武之形象，真武大帝在明初大抖威风以后，一跃而为道教大神。
据《玄天上帝启圣录》、《神仙通鉴》说，商纣王勾结六大魔王，即水魔、火魔、旱魔、蝗魔、瘟魔、妖魔，扰乱天下。玉皇大帝命玄帝(真武帝)帮助周武王伐纣除魔。真武披发跣足，金甲黑袍，皂纛黑旗，仗降魔剑，统率甲丁神将，与六魔王大战。其中四魔王不战逃遁。水、火二魔王自恃坎离二气(八卦中的坎代表水，离代表火)，变化成苍龟、巨蛇，真武“施大威力，摄二魔于足下，不能变动”。龟蛇归顺，玉帝封苍龟为太玄水精、黑灵尊神，巨蛇为太玄火精、赤灵尊神。其余四魔，亦来拜服，真武悉收为部从。
龟、蛇二将因原身是水、火二魔王，故又作“水、火二将”。在明人小说中，龟蛇二将尚有其他名目。《三宝太监西洋记通俗演义》第五十六回中，龟为皎陵圣水大元帅，原是真武老爷面前的花脚乌龟，后受封为将，长有一十二丈，浑身九宫八卦;蛇为丹陵圣火大元帅，原是真武老爷面前的赤练花蛇，后受封为将，长有三十六丈，浑身鳞甲崚嶒。
关于蛇龟二将的来历，《北游记》中说得更有意思。真武(当时为净乐太子)在武当山修炼时，渐入仙道，但未去五脏之脏。妙乐天尊显神通，把两个瞌睡虫打在真武身上，真武睡去不省。天尊即命一神将剖开真武肚子，将其肚、肠取出，放到岩下，用石盖住。然后将衣衫一幅放入腹中为肚。用线缝合，将还魂丹放入真武口中。真武醒来，自觉身轻，杂念全除。遂成仙道。
再说那肚肠在岩下，因受了灵气，年深月久，肚成龟怪，肠成蛇怪。二怪在五当山为非作歹，真武前去降服，将剑指出丙丁火，龟属水，最怕真火;又用剑指出壬癸水，蛇属火，最怕真水。火烧水淹，二怪只得归顺。真武押着二怪上天庭，奏明此事。玉帝大悦，即封龟、蛇二怪为水、火二将，常随真武行法。至今，这个有趣的“真武肚肠变龟蛇”的传说在武当山地区还十分流行。
武当山的龟蛇二将，一为真武帝的“坐骑”像，是龟蛇的原型，最著称于世的是武当山金殿中真武像前的铜铸鎏金龟蛇二将。形象为蛇绕龟腹，翘首相戏，技艺精湛，造型极其生动，是古代珍贵文物。另一种为持旗捧剑的武将形象，龟蛇(水火)二将为铜铸鎏金，高六尺许，戴盔贯甲，衣带飘垂，威武庄严。