一直以来，“皇姑屯事件”是日本人所为的说法是得到大多数人认可的，但《张氏父子与苏俄之谜》一书的作者声称在莫斯科等地查阅苏联情报机关档案时发现张作霖死于苏联人之手。此书的说法一度流传得很快，学术界也有人撰文支持这个说法。最近，又有学者提出，“皇姑屯事件”是苏联与日本秘密谅解得产物，张作霖是大国博弈中的牺牲品。这样一来，“皇姑屯事件”的幕后黑手到底是谁?是谁杀害了张作霖?原本已经尘埃落定的一桩公案又变成了疑案。对于本文而言，如果皇姑屯事件是苏联所为或参与，那么双方关系终结的原因将不再是“一个意外”，而是苏联有意为之。如果是这样，不仅奉苏关系的历史将被颠覆，中苏关系的历史也将被改写。
1. 观点之“皇姑屯事件”系日本所为
从以往的研究情况来看，用来证明“皇姑屯事件”系日方所为的最直接证据是河本大作的自白书和信函，以及远东国际军事法庭的庭审记录。
1954年第12期的《文艺春秋》(日本)上刊载了河本大作的“自白书”《我杀死了张作霖》，在文中河本大作回忆了皇姑屯事件的来龙去脉和整个过程，其中写道：“我(在东方会议上)力陈关于奉天军阀对满铁采取的包围态势，仅仅是外交抗议已经不够;武藤将军在会议上强调了武力解决。对此，田中首相也同意，确立了以武力解决的基本方针。”河本大作还在文中坦白了选择皇姑屯作为爆炸实施地的原因，“因为京奉线在下面，满铁线在它的上面通过，所以日本人稍微走来走去，也不会引人注意……只有此地为最好爆破地点。”爆炸发生时，河本就在现场附近，据他的描述：“轰隆一声，在爆炸声响的同时，空中升起了高达200公尺的黑烟。我想张作霖的骨头是不是也飞上天了，对于这猛烈的黑烟和爆炸声，连我自己都惊讶和害怕。药力实在太大了，的确如此!”对于皇姑屯事件的责任问题，河本表示该事件“终于导致田中内阁垮台，进而使参与策划这一事件的我受到停职处分;村冈军司令官、斋藤参谋长、长町袈裟独立守备队司令官也相继受到这样那样的行政处分。”
除了自白书之外，河本大作在皇姑屯事件前的两封信函也间接证明了日方准备除掉张作霖。在1928年4月4日致矶谷廉介的信中，河本称：“满蒙问题的解决，靠讲理谁也办不到，给点小恩小惠也不行。除武力之外，别无它途。”“郭、张战争后，张之横暴，难以言喻。那些幻想施恩图报的日本人是用心良苦的老好人。零打碎敲，头痛医头，脚痛医脚不行。这次如果不以清算二十年来总账之决心来对待，满蒙问题就不可能得到根本解决。死他一两个张作霖有什么了不起!这次一定要干!即使受到阻止，无论如何也要干!”在1928年4月27日致荒木贞夫和松井石根的信中，河本称”奉张之没落，将成为东三省建立新政权之契机，进而造成可望根本解决满蒙问题之绝好机会。”“目前满洲之形势，奉天军、吉林军大部出动，制造此等骚乱不仅可能性很大，而且南方之宣传者及代表人正潜入旅大等地，如以彼等名义起事，即使军部不直接下手，亦可成事。唯需提供所需武器、炸药之一部及小额资金。”“总之，于南方之北伐尚未受挫期间，策划(奉系)内部之崩溃，极为重要。如只痴待北伐之进展，最终有失千载良机之虞。对于多年以来一直主张解决满蒙问题者，有不忍坐视之感……关于上述情况，如蒙二位阁下关照，暗示中央关于有必要于满洲方面搞某种策动之意思，余者一切由我方适当解决可也。”
证明“皇姑屯事件”系日方所为的另一个有力证据是远东国际军事法庭的庭审记录。1946年7月2日15时，在日本东京都旧陆军省内远东国际军事法庭上，证人冈田启介做过如下证言：“昭和三年(1928年)，当张作霖的军队被国民党打败时，田中再次奉劝他不要过晚地把自己的部队撤回满洲。这次，由于窘迫的战局，大帅被迫采纳该建议。就在这个时候，本庄将军麾下司令部设在沈阳的日本驻满洲军队，对田中内阁与张作霖就日本在满洲利益进行合作与谈判的政策表示不满。他们已经等不及谈判，不耐烦地要使用武力占领满洲。该部队中的一个已经完全孤立了本庄将军、隔断了他与部队联系的军官派别或集团，策划并阴谋张作霖乘坐的北京至沈阳的列车到达沈阳郊外时，在轨道上实施爆炸。正如计划的那样，张作霖在爆炸中丧生。这个由关东军中一个集团所策划与布置的事件，代表了田中政权时期军队干预政府政策的第一次公开行动。”1946年7月5日11时，另一位证人田中隆吉在接受萨盖特检察官询问时表示，他在1942年1月曾发现一份关于暗杀张作霖的报告，该报告是由东京宪兵队长峰少将奉陆军大臣的命令在1928年8月做出的。报告中称：“杀害张作霖是由关东军高级参谋河本大佐策划的。这个事件与当时的关东军司令官没有任何关系。根据田中内阁早日解决满洲问题的方针，关东军承担着在锦州以西大辽河一带解除从北平和天津方向撤退的中国军队武装的任务，其目的是摆脱张作霖，建立一个从南京政府分离出来的以张学良为领导人的新国家。换言之，是创建一个在日本控制下的王道乐土，就是后来的‘满洲国’”。
上述证据都明确无误的证明直接策划并具体实施皇姑屯事件，导致张作霖被炸身亡的主犯是关东军中以高级参谋河本大作为首的一个极端小团体。对此，不仅国内学者普通同意，以大江志乃夫为代表的日本史学界也表示认同。在《田中义一内阁的对华政策与张作霖被刺事件》一文中，大江志乃夫做出如下结论：“张作霖被炸死事件因为是以关东军的河本大佐为核心的少数人所实行的阴谋计划，故连陆军中央部也很难知道其真相。”
2. 观点之“皇姑屯事件”系苏联所为
2008年，《张氏父子与苏俄之谜》一书引起了读者和学界同仁的热议，该书作者托托“几乎跑遍了莫斯科及远东几个大城市的所有国立、市档案馆，图书馆及大小书店，寻找有关方面的档案记载及解密文件……到张氏父子当年活动的北京、天津、沈阳、哈尔滨等地的档案馆、图书馆查找背景资料，并多次去沈阳探访位于大南边门的‘张氏帅府’，查看‘皇姑屯事件’案发地、苏俄驻奉天总领事馆旧址、日本在奉天的军政办事处机构遗址，同时寻找对张氏家事比较熟悉的老奉天市民，听取其对当年旧事的回忆。经过几年的档案调查与实地访问，终于获得了大量的第一手宝贵资料。”通过对这些材料的整理和分析，作者最终提出“皇姑屯事件”是苏联特工制造的结论。
该书认为苏俄与张作霖结怨已久，无论是在中东铁路问题、外蒙古地位问题，还是白俄匪军问题上，双方的观点都针锋相对，矛盾尖锐，仇视日深。张作霖“紧傍日本，长期抗拒东北方的邻国苏俄，尤其仇视新生的苏维埃政权。为此，他不惜制造数起反苏反共事端，甚至残害投身于共产主义运动的苏、中志士(如杀害共产党人李大钊等)。这使得苏联政权对其恨之入骨，多次命令军情机关派遣特工，伺机除掉张作霖。”该书还称，“已经解密的《俄罗斯对外情报录纲要》第三卷披露了此次密访的有关内容：1928年张作霖派部下去日本密谋中国东北独立一事，称《满洲独立密约》。东京方面不反对张作霖的思想，但是要附加日方提出的如下条件：1.将被称为‘独立满洲共和国’，其地域范围应是整个满洲及内蒙古地区，并受日本政府的保护;2.日本政府将把外蒙古变成缓冲国;3.新成立的‘独立满洲共和国’虽不与中国的中央政府为敌，但禁止从事‘赤色’宣传和‘赤色’运动;4.新成立的满洲政府有义务与日本政府共同反对苏联政府对东北地区的蚕食与渗透。此‘密约’当即被苏联获知，他们认为，该‘密约’已威胁到苏联远东地区的安全，威胁到了新生的红色政权的国家利益，所以，必须对变本加厉反苏反共的张作霖实施清除计划。”
该书详细叙述了苏联特工暗杀张作霖的具体经过：暗杀小组成员包括对话情报专家萨尔嫩、暗杀专家埃廷贡、爆破专家维纳罗夫、电台报务员列别捷娃。“1928年春季，‘清除’张作霖特别行动小组成员，陆续地从莫斯科、北京、沈阳等地聚集到了哈尔滨。”“5月30日夜，莫斯科总部发来密电：‘张作霖拟在6月3日从北京站出发，所乘交通工具为火车。你们要缜密行事。’”同时，密电中还作出指示：“再次提醒你们，在实施‘清除’行动时，一定要把人们的视线引导到日本人或南方的蒋介石集团身上，最好能引导到日本人身上。已指示在华的相关媒体，做好宣传引导工作。”“6月2日晚间，萨尔嫩又收到一份密电：‘确认此前密电内容，并告：张作霖所乘之列车将于6月3日凌晨(时间待定)从北京站出发，走京奉路，约在6月4日凌晨(时间待定)到达奉天新站。该列车共22节车厢，张所乘坐的车厢为第10节，其明显标志为蓝色的花车。’”“6月3日凌晨2时30分整，张作霖的列车启动。萨尔嫩立刻收到密电：‘确认此前密电内容，并告：张作霖所乘之列车已于6月3日凌晨2时30分整从北京站发车，预计将于6月4日凌晨3时30分抵达奉天新站。’”埃廷贡立刻行动，埋完炸药后到l0米外的路基下隐蔽起来，“只等几个小时后京奉线列车开过时，按动手中的引爆器。”在“皇姑屯事件”成功后，“当皇姑屯事件的实施者已经被确认为日本人后，苏联党政高层又秘密地重奖了自己的特工英雄：萨尔嫩因‘忠实地完成了极特殊的使命’，而被授予苏联英雄金质奖章，并破天荒地得到一块足赤金表;埃廷贡则因‘极特殊的贡献’，而被授予苏联政府最高奖章‘列宁勋章’;维纳罗夫因参与‘共产国际特殊使命’，而被保加利亚政府授予‘社会主义劳动勋章’。”
对于能证明是日本人实施“皇姑屯事件”的河本大作的“自白书”，该书认为并不是河本大作本人的供词，而是“由河本大作的恩师冈田启介精心策划完成的”，而冈田启介“已在去东京作证之前，就被苏联国家安全部(即克格勃前身)所招募。其实，更早的时候，他就已经被藏身在东京的功勋特工佐尔格发展成苏联秘密情报人员。”书中还称：“由于远东国际军事法庭表示将再次审理被判为悬案的‘皇姑屯爆炸案’，这引起了苏联的担心。据莫洛佳科夫的《东京审判之秘闻实录》一书透露，1946年初，冈田启介收到了一份来自莫斯科总部的密电：‘请在日本关东军存活的人员中，寻找心理和精神状态良好的弟子或属下，把我们的对对方生命有益的合作意图说清，使之同意：该案件系自己势力所为……请相信，在我相关人员的努力之下，该次审理将不会偏差。只要合作人员永不反悔，我们除履行我们的义务外，还会永远关照他的命运。’经过一段周密的思考与调查，冈田启介选定了……河本大作。他通过秘密渠道与对方取得了联系。而此时正躲藏在中国华北地区且走投无路的河本大作，见到因此能受到强大的苏联军情机关的保护，不仅能保命，且还能得到永久关照，就同意了冈田启介提出的与苏方合作的建议。于是就有了周所众知的《我炸死了张作霖》的供词。”至于河本大作，该书称“那位被举报而且已经‘招供’的河本大作本人因不受法律制裁，而被东京远东国际军事法庭视为无罪人员。”
《张氏父子与苏俄之谜》一书所提出的观点也得到了一小部分人的支持，但总的来说还不能完全令人信服。首先书中所引用的档案和外文书籍的信息不全，全书更像是一本小说而非一部严谨的学术著作，注释绝大部分缺少出版社、出版日期、页码，甚至有的仅有书名，导致无法查证。其次，书中用了极大的篇幅叙述张作霖与苏俄的矛盾，但有一种凡东北事俱与张作霖有关的倾向，即使在十月革命后在哈尔滨发生的苏维埃工兵夺权事件，也与张作霖联系起来，这是不符合实际的。再次，除了河本大作的自白书，其余相关证据在书中没有提及，而关于河本大作，也并不像书中所说是无罪人员。1948年11月12日远东国际军事法庭宣判之时，河本大作正隐匿在山西，因此没有列入被告名单。此外，自1949年4月在太原解放时被铺，直到1955年病死于太原战犯管理所之前，河本大作不但未能认罪服罪，痛改前非，相反却采取种种手段，抵制和对抗我人民政府对他的审查和处理，妄图蒙混过关，逃避惩罚。最后，即便一切如书中所言，皇姑屯事件是苏联所为，河本大作也是被苏联招募的“间谍”，其证言也非本人所作，可日本政府为什么会承担责任?日本学界为何至今依然认为事件制造者是日本军方?这也是最让人费解的地方。
3. 观点之苏日合谋“皇姑屯事件”
2015年第11期《上海党史与党建》杂志刊登了一篇文章，名为《“皇姑屯事件”新考之三：苏联特工与日本合作制造》(该杂志2015年第9期和第10期分别刊载了《“皇姑屯事件”新考之一：日本制造?》、《“皇姑屯事件”新考之二：苏联特工制造?》)。文中称，“既然皇姑屯事件是不可否认的事实，既然苏联特工制造说与日本制造说提供的证据都只能自证而无力反正，那么合乎逻辑的答案就只有一个：两者都是事实，苏联特工与日本合作制造了皇姑屯事件。”
该文认为张学良在张作霖死后的行动证明了苏日合谋，“张学良返回东北毫无疑问要全力调查皇姑屯事件的真相，他岂能无所作为不报杀父之仇。虽然缺乏文字资料，但张学良当时向苏联与日本同时发难的激烈行动，却已经提供了有力的证明。”在该文作者看来，东北易帜“不仅沉重打击了日本，更是对日苏密约所谓‘满洲独立’的釜底抽薪”;张学良下令搜查苏联领事馆，“明显是在寻找苏联特工制造皇姑屯事件的证据”;1929年中东路事件，“张学良虽然明知是以卵击石，但依然与苏联大打出手。如非得知皇姑屯事件真相后的怒火中烧报仇心切，张学良岂能置自身之力量与安危于不顾，同时出重手打击苏联与日本。”
该文最终的结论是，“从1927年8月的日苏密约、1928年春张作霖与日本的密约、同年4月苏联行动小组的成立、河本的4月‘密信’、田中的5月表态到皇姑屯事件6月的发生，事态发展的脉络在短短数月内已经足够清晰，也已经形成历史逻辑和历史事实相互印证的完整证据链。就此而言，苏日联手制造的皇姑屯事件其实就是苏日已经形成秘密谅解的明证，张作霖就是大国博弈的牺牲品。”
显然，该文在承认苏联制造“皇姑屯事件”的基础上，将《张氏父子与苏俄之谜》一书中提到的“证据”与现有的能证明日本制造“皇姑屯事件”的证据进行了叠加，从而形成了所谓的“完整证据链”。这种方法不科学，也不严谨，特别是在缺乏档案支撑的情况下作此论断，过于武断。而将张学良所为当作苏联特工制造皇姑屯事件的证据更是不合理的，是不符合历史的。