王小波曾经评价说这本书是“不新的《万历十五年》”，确实，万历十五年，也就是1587年，可以说发生了很多决定性的事情，但是也可以说这一年平淡无奇，甚至没有任何可谈之处，但它恰恰是中国封建王朝发展的一个十分重要的阶段。
过去关于明史的叙述，几乎都有“税重民穷”的说法，但是黄仁宇认为，“民穷”的根本原因不在国家的赋税过重，而在法律的腐败和政府的低能。中国两千年来，以道德代替法制的情况，到明代到达了极点，而他写作《万历十五年》的目的，也重在说明这一看法。
明朝万历年间的重臣，张居正、戚继光、申时行、海瑞……无一不以悲剧收场。甚至万历自己，在这种文官集团体制之下，也只能无为而治。由此可以看到一种强大体制惯性所带来的悲哀。他们每个人都各有特点，亮光闪闪，也试图做出改革，但最终失败，大部分人还落得个革职、入狱、自杀的下场。一群文官为了整个集团的平衡，国家的武备、科技的革新、商业的发展都陷于停滞。文官集团的统治让他们对这个国家来说，无疑是一场不幸的开始，文官与宦官集团的夺权更是使大明王朝残破不堪。
在历史上，万历十五年实为平平淡淡的一年，只是这一年里明朝廷上发生了若干历史学家容易忽视的事件，而这些事件看来虽似末段小节，但实质上却是以前发生大事的症结，也是将在以后掀起波澜的机缘。它们之间的关系因果，恰恰是历史的重点。《万历十五年》中通过对明朝几个关键性人物的描述，看到了这个没落王朝的悲剧命运，历史，最终让这些帝王将相所泯灭。
虽然对中国以道德代替法律，黄仁宇在《万历十五年》里已经批评得很透彻——道德非万能，不能代替技术，尤不可代替法律。他认为，明朝的特征在于“依靠意识形态作为统治手段;意识形态充斥了帝国的各个方面，无论从强度还是广度来说，都是空前未有的。
万历十五年，那一刻开始，中国和西方的差距，越来越大了!西方的帝国正在崛起，东方的帝国开始沉沦!