一、新旧势力的再次交锋
在大化改新过程中，革新派与守旧势力进行了长期的尖锐复杂的斗争。
公元645年9月，古人大兄皇子谋反。古人大兄是舒明天皇和苏我马子的女儿法提郎援所生的皇子，与苏我氏有很深的关系，虾夷、入鹿父子曾极力拥立他为天皇。入座被杀后，他以“勤修佛道，奉佑天皇”为名，出家到吉野，勾结苏我田口臣川掘、物部朴井连椎于、吉备笠臣垂、倭汉文直麻吕、朴市秦造田来津策划叛乱。据井上光贞考证，“苏我田口臣川掘是推古朝时住在大和国高市郡田口村的苏我氏一族(《新撰姓氏录》)，物部朴井连椎于是朴井地区的物部氏一族，倭汉文直麻吕是和苏我氏有密切关系的东汉氏的一族。”可见这些人都是反革新的守旧势力的代表。由于吉备笠臣垂的自首，古人大兄皇子的阴谋暴露，中大兄立即派兵镇压。古人死。
大化5年(649)，苏我日向诬告其异母兄右大臣苏我石川麻吕要谋害中大兄皇子，中大兄迫使石川麻吕自尽。石川麻吕是与入鹿有矛盾，被革新派争取过来的，但思想仍然守旧。大化4年(648)废止古冠时他和左大臣坚持戴古冠，以抵制新的官僚体制。中大兄胎日向告发的机会除掉了推行改革事业的障碍。
白维4年(653)，中大兄奏请孝德天皇迁都飞鸟，以便控制守旧势力。天皇不许，中大兄不顾天皇的反对，率领皇族和群臣回到飞鸟。孝德天皇陷于孤立，第二年饮恨死去。
孝德天皇死后，中大兄之母前皇极天皇重登位，称齐明天皇(公元655年—公元661年在位)。她大兴土木，修建宫殿楼阁，给人民带来沉重的徭役负担，引起民怨。
公元658年，孝德天皇之子有间皇子阴谋叛乱。当年11月，齐明天皇和中大兄皇子去纪伊的牟娄温泉疗养，首都留守官守旧势力的代表人物苏我赤兄举出天皇的失政三条，即：大修仓库，积聚民财；穿凿水渠，耗费公粮；以舟运石，累积为丘。并以此为由鼓动有间皇子叛乱。有间皇子准备举兵，但苏我赤兄见事难成功，于是转而派人逮捕有间皇子，同时使人报告中大兄。中大兄将有间皇子绞死在藤白坂(今和歌山县海南市)。
二、出兵朝鲜
中大兄为了转移守旧势力的锋芒和人民群众的不满情绪，大举征伐北方少数民族并出兵朝鲜。政府于公元647(大化3年)、648年，在越后分别设淬足栅和盘舟栅，作为镇定虾夷族的根据地。齐明天皇4年(658)，派阿倍比罗夫讨伐秋田、津轻地区的虾夷族。齐明天皇6年(660)再次派遣比罗夫征讨肃慎国”。
660年，百济受新罗和唐朝军队的进攻，王城陷落，国王被俘，濒临于灭亡。百济遗臣鬼室福信，向大和朝廷求援，中大兄借此机会出兵朝鲜。齐明天皇7年(公元661年)，天皇和中大兄亲赴筑紫指挥。当年7月，齐明天皇死于筑紫朝仓宫。天智天皇元年(公元662年)5月，派阿云比逻夫出征。663年3月派遣23000名官兵攻打新罗。同年8月，日军与新罗、唐朝军队在白村江交战，道到惨败，百济灭亡。战后日本为防备新罗和唐军的进攻，于664年在对马、壹歧、筑紫设置防人和烽火台，在筑紫修建了水城。第二年(天智天皇4年)修筑长门、筑紫的大野、椽城。两年后(667)又建了大和的高安城，赞歧的屋岛城，对马的金田城等。这次侵略朝鲜的战争加深了国内阶级矛盾，人民群众对沉重的战争负担不满，守旧势力趁机向革新派施加压力，中大兄在守旧势力的进攻面前采取妥协退让的政策。
公元664年宣布：“增换冠位阶名及氏上、民部、家部等事……其大氏之氏上赐大刀，小氏之氏上赐小刀，其伴造等之氏上赐干循弓矢，亦定其民部、家部。”在这里肯定了氏上，允许他们私有部民，从而部分恢复了部民制。
三、迁都近江
公元667年迁都近江(今滋贺县)，“是时天下百姓不愿迁都，讽谏者众，童谣亦多，日日夜夜失火处多。”翌年，中大兄即位，称天智天皇(公元668年—公元671年在位)。同年，天皇命中臣镰足制定《近江令》22卷，是日本最早的一部成文法典，但早已失传。日本学者推测，它大体参考唐代《贞观令》编纂，成为日本以后《令》的基础。
繁重的劳役，使人民四处逃散。天智天皇9年(公元670年)政府为防 止人民逃亡，编制户籍，因制定于庚午年，故称“庚午年籍”。内外战争和大规模的土木工程，不仅给人民带来深重的灾难，也给地方中小贵族增加了负担。恢复氏上制和部民制提高了大贵族的政治经济地位，但地方中小贵族并没有得到多大好处，所以他们对朝廷益加不满。
天智天皇同其弟大海人皇子之间的矛盾日渐加深。大海人皇于是在大化改新中锻炼成长起来的有胆略有才干的政治家和军事家，在革新中享有较高的威望。天智天皇即位时大海人被立为东宫即皇太子，是法定的皇位继承人。天智天皇7年(668)，在一次宴会“酒酣极欢”时，大海人“以长枪贯敷板(地板)”，引起天智天皇大怒，险些被杀。天智天皇10年(公元671年)，天皇任命自己的宠儿大友皇子为太政大臣。太政大臣是代替天皇主持政务的皇太子摄政习惯法制化了的职务，所以，这实际上是立大友皇子为皇储，剥夺了大海人皇子的皇位继承权。天智天皇还任命对革新事业不满的守旧势力的代表人物苏我赤兄为左大臣，中臣舍为右大臣，苏我果安、巨势人、纪大人为御史大夫。他为了维护年轻的大友皇子的地位，吸收守旧的大贵族组成了政权。大海人地位和生命都失去保障。他为了摆脱这种处境，以出家为名避居吉野。当年12月，天智天皇病死，政权落到守旧的大贵族手中。
四、“壬申之乱”
近江朝廷严密监视在吉野的大海人皇子，并积极备战。大海人闻讯后决定举兵。弘文天皇元年(公元672年)，大海人离开吉野，经伊贺、伊势，来到美浓，以此为根据地，发动东国军队。东国与皇室有密切的关系，自6世纪以来朝廷关注东国；在那里设置了不少屯仓，舍人的大部分都是由东国征调来的。大化革新时首先在东国造户籍，校田亩，实行改革。因此，那里封建官僚贵族的力量比较强大，而守旧势力却比较薄弱。大海人举兵之后，东国的国司、郡司纷纷加入大海人的队伍。大海人抢先占领了不破道和铃鹿道，截断了近江朝廷与东国的联系。公元672年7月初，大海人的两路大军分别向近江、大和迸发。同年7月22日，一路军队平定大和，另一路军队在獭田川战役中取得决定性胜利，第二天大友皇子自组而死。历时1个多月，遍及大和、山城以至伊贺、伊势、美浓、近江等国的内战，以大海人皇子的胜利告终。这次内战发生在壬申年，所以被称为“壬申之乱”。
图 天武天皇发愿建造的药师寺
大海人迅速取得胜利的主要原因是得到东国新兴中小封建官僚贵族国司、郡司的积极响应。大海人离开吉野时，手下只有舍人、女官30多名，但由于得到东国中小封建贵族的大力支持，很快占领了军事要地，组成了数万大军，打败了近江朝廷。以大友皇子为首的近江朝廷则失去了地方中小贵族的支持，朝廷四处派遣调兵的使者，但均没有成功。听到大海人举兵的消息，“群臣悉鄂，京内震动”，朝廷内部一片混乱，有的想投奔东国，有的逃隐山泽。
“壬申之乱”是大海人皇子和大友皇子的皇位之争，但实质是革新派与守旧势力之间的一场殊死搏斗。
五、政治的革新
天武天皇元年(公元673年)，大海人皇于在飞鸟净御原宫即位，称天武天皇(公元673年—公元686年在位)。天武天皇即位后，推进了革新事业。经济方面，天武天皇4年(公元676年)下诏书废除公元664年天智天皇恢复的氏上私有部民的制度，并废除朝廷前后赐与亲王、诸王、诸臣及各寺院的山林池泽岛浦，收归国有。这是继续推进改新事业以发展生产的重大措施。天武天皇11年(公元683年)为革新俸禄制，更下诏书将赐与亲王以下诸臣的食封归还国家。但新的俸禄制既末立即制定出来，食封制自然也不可能彻底废除。所以此后虽不见恢复食封制的法令，却仍可看到赐与封户的例子。
在彻底废除部民制的基础上，采取恢复和发展生产的一些措施。676年下沼：“自今以后，明察百姓，先知富贫，简定三等，仍中户以下，应与贷”，使贫困的班田农民能维持和发展生产。朝廷又减轻了一些农民的摇役负担。与此同时，把班田农民紧紧束缚在土地上，加强封建剥削和压迫。公元677年(天武天皇5年)宣布：“凡浮浪人，其送本土者，犹复还到，则彼此并科课役。”
在政治方面，加强皇权和军事力量。天武天皇实行皇亲政治。他在位期间没有任命一个大臣，而是完全依靠皇后、皇子等皇亲进行统治。天武天皇12年(公元684年)制定八色之姓：真人、朗臣、宿弥、忌寸、道师、臣、连、稻置。真人授予5世以内的皇亲原公姓氏，朝臣、宿弥分别授与原臣姓氏、连姓氏，忌寸授予直姓的国造诸氏。把真人置于八姓之首，以提高皇亲的政治地位。天武天皇10年(公元682年)规定姓氏的序列作为考选文武官的先决条件。公元681年开始修改《近江令》，在此基础上制定《飞鸟净御原令》，公元689年(持统天皇3年)开始施行。此令共22卷，现已全部失传。当时末制定律，据后来的日本学者分析，可能准用《唐律》。公元681年命川岛皇子等记“带纪及上古诸事”，即编撰国史，以期提高皇威。
在实行皇亲政治的同时，注意起用中小官吏。天武天皇5年(公元677年)下沼：凡任国司者，除援内及陆奥、长门国以外，皆任大山位以下人。”又将冠位增至48阶，使中小官吏有更多的仕途机会，以此削弱大贵族的势力。
为了巩固政权，加强军事力量，天武天皇4年(公元676年)下令：“诸王以下，初位以上，每人备兵。”公元676年遣王卿京、畿内“校人别兵”。天武天皇13年(公元685年)沼书说，“凡政要者军事也”，要求文武官“务习用兵及乘马”。公元685年派宫处王等于京、畿内“校人夫之兵”，同年下沼收回私家兵器。
天武天皇采取兴隆佛教和敬神的政策。在佛教方面，提倡造寺、写经、念经；在神道方面，崇敬伊势神宫，祭龙田、广獭神，创始祈年祭等，以提高天皇的地位。