1862年的东部战事
由于美国北部联邦与南部邦联之间的僵持，到1862年春，共和党报纸、国会议员和林肯变得越来越不耐烦，要求联邦军队采取行动，在舆论的压力之下，麦克莱伦才带领10万多人组成的军队进入弗吉尼亚。在这里，他们与由南部同盟李将军带领的规模相对较小的北弗吉尼亚集团军（Army of Northern Virginia）遭遇。李将军是一名卓越的战术指挥家，林肯曾邀请他出任联邦军队的总指挥官，但他出于对弗吉尼亚的忠诚，选择为南部同盟而战。1862年6月，在里士满以南的半岛上展开的、由一系列交锋组成的七日战役（Seven Days' Campaign）中，李挫败了麦克莱伦的连续进攻，迫使他退守到哥伦比亚特区华盛顿市的郊区。1862年8月，李又在第二次布尔河战役中，战胜了由约翰·波普（John Pope）指挥的联邦军队。
在成功地赢得防御战之后，李开始发起了一场对北部的入侵。他希望借此将边界州带入到南部同盟中来，说服英国和法国对南部同盟予以外交承认，从而影响北部的选举，甚至占领华盛顿市。在马里兰的安蒂特姆战役（Battle of Antietam）中，麦克莱伦和波托马克集团军击退了李的进攻。在一天的战斗中，约有4300人丧生，18000人受伤（其中有2000人后来因伤而死）。那些死去的人，一位幸存者事后回忆说，在战场上重叠了三层，他们“像草一样的被镰刀”割倒在地。1862年9月17日在安蒂特姆战役中丧生的美国人人数超过美国历史上任何一天死亡的美国人人数，包括第二次世界大战中盟军在诺曼底的登陆日（D-Day）和恐怖主义分子对美国发动一连串攻击的2001年9月11日。事实上，在安蒂特姆战役中丧生的美国军人人数也超过了19世纪美国在所有其他战争中丧生人数的总和。
李将军被迫撤回弗吉尼亚，北部因而可以把安蒂特姆称为是自己的一场胜利。这是在未来相当一段时间内联邦在东部战场的最后一场胜利。事后，安布罗斯·伯恩塞德（Ambrose E. Burnside）将军取代麦克莱伦担任波托马克集团军总司令。1862年12月，他指挥联邦军队，向埋伏在弗吉尼亚弗雷德里克斯堡附近高地战壕中的李将军队伍发动进攻，结果遭遇了内战中联邦军队最为惨重的一场失败。“这不是一场战斗，”一位联邦士兵给他母亲的信中写道，“这是一场屠杀。”
西部战事
战争的前两年，联邦军队在东部战场几乎是一无所获，但在西部，事情却是按照另外一种轨迹发展。在这里，联邦军队早期胜利的构建者是尤利塞斯·S. 格兰特。格兰特毕业于西点军校，1854年从军队退役，部分原因是被人控告饮酒过度。格兰特的平民生活过得很不顺利。战争爆发时，他在伊利诺伊加里纳（Galena）他兄弟的皮货商店里当店员。然而，在被任命担任一个伊利诺伊团的上校团长之后，格兰特很快就展示他的胆识、逻辑严密的思考以及对战略的领会能力，他的这些素质将在整个战争过程中得以始终如一的展现。