虽然江户幕府在三大幕府里，武力最强大的是德川幕府，但是毕竟日本的最高领袖还是天皇。即使江户幕府和外国包括中国的国书里，有时候署名为日本国王，不过大部分时候还是署名日本国大君字，表明了日本天皇还是正统，德川幕府只不过代表天皇行执政。不过现实情况虽然国家的君主是天皇，但是天皇却被幕府卡住了脖子，地位虽高却无实权。
图 德川幕府
在被德川幕府的统治下，天皇只能行使宗教权利，政治上却没权利，更没有财政大权。宫殿里漏雨都没钱修，有时候下大雨睡觉都得换几个地方睡。战国时代天皇穷到因为没钱都不能举行登基继位大典，御天以后也不能下葬。天皇甚至要靠卖自己的字来维持生活。
江湖幕府建立后，天皇的经济有了改善，比战国时代强得多，但是天皇领地才区区四万石，仅仅和一个普通的大名一样，更和幕府的雄厚财力有天差地别。幕府虽然承认天皇的国家正统地位，但是却掐住了他的咽喉和要害，控制了天皇的财权。
甚至在德川家康在位的时候，为了限制天皇， 给他定了几条规定：天皇只能做学问，学习为君之道，比如中国的《资治通鉴》《贞观政要》，不能干预政事；然后规定天皇的家族成员，比如亲王的地位在太政大臣、左大臣、右大臣之下；并且大臣可以由幕府将军来任免；而且禁止武家和公家通婚，天皇被完全限制了。
到后来，幕府公开颁布了《禁中并公家诸法度》，这个太多就不细说了，总结下来就一条，天皇就只剩一条权力了，决定日本的年号。
幕府为了进一步控制天皇，想效仿藤原氏，做天皇的岳父。幕府将军秀忠有一个女儿和子，和子嫁给天皇后，发生了一件令全国震惊的事情，日本的僧侣的最高荣誉就是能获赐披上紫衣。紫衣不是僧侣能随便穿的，必须天皇赐予。日本当时深受中国影响，紫色是臣子最尊贵的颜色，看看明朝的官员就知道了。天皇为了增加天皇家的收入，赐予了京都十多名僧侣紫衣，但是这个不是白赐的，僧侣必须给天皇谢恩，给天皇供奉。但是这一次幕府连宗教的事情也要管了，把天皇赐予的紫衣都收回了 ，甚至还把僧侣流放。
幕府这样也就破坏了天皇管理宗教的权利，给天皇表明了一个态度，连宗教也得由幕府管辖，和制定年号，研究君王之道，其他一切事物天皇都不能过问。
这也一度造成了日本国内只知幕府将军不知天皇的奇怪场景。