由于水稻生产迅速发展，男子在获取生活资料的劳动中越显重要，妇女则退居次要地位。随着分工的发展，男子逐渐拥有更多的财产。于是父权制大家庭出现了，母权制没落。父权制大家庭是从对偶婚向一夫一妻制过渡的形式。随着生产力和私有制的进一步发展，父权制大家庭又分解为一夫一妻制的个体家庭。这些家庭逐步变成社会经济单位。
从山口县土井浜遗址中发掘出来的176具人骨来看，基地东区埋葬的人骨多而且男子占多数；幼儿随着男子埋葬在东区。再从石棺墓、装饰品多数在东区的事实来看，血统关系按男系来确定，男子已处于优势地位。这个遗址是刚刚由母系氏族公社过渡到父系氏族公社的弥生前期的墓葬。
由许多独立的个体家庭组成农村公社。已经出现的农村公社不是建立在血缘关系上，而是按经济的和地域的关系形成的。农村公社具有两重性：一方面，生产工具、牲畜、房屋等为家庭私有财产，农业由个体家庭独立经营；另一方面，公社还保存公有制的残余，如耕地为公社所有，定期分配给社员。森林、草地等也公用。由于社会分工和商品交换不发达，这种公社形式长期延续下来。
随着私有制的发展，出现了贫富不均和阶级分化。最早出现阶级分化的地区是九州北部，它是日本同大陆交通的门户，是生产力发展最快的地方。在这里发掘的公共墓地中发现厚葬的瓮棺。
佐贺县唐津市宇木汲田遗址中出土的100多座瓮棺墓中，发现20多座瓮棺墓随葬青铜镜、剑、矛、戈、手镯及玉类。有一座瓮棺墓随葬一把细形铜剑、一面多钮细纹镜。又有一座瓮棺墓随葬一把细形铜剑和勾玉。字木汲田遗址是属于弥生前、中期之交的遗址，可见前期之末已经出现了明显的贫富不均。在弥生中期的福冈县筑紫郡须玖冈本遗址中发现随葬品丰富的支石墓。从墓中瓮棺内外出土近30面前汉镜、3把细形铜剑、5把细形铜矛、1把细形铜戈，还有玻璃制壁、勾玉、管玉等。但在冈本东南1公里的伯玄社遗址，东北3公里的金限遗址中发现近300座瓮棺墓，其中没有发现青铜器类的随葬品。从丰富的随葬品和周围墓葬分析，冈本瓮棺墓主是部落或部落联盟的首领。
属于弥生后期的佐贺县樱马场遗址中，从一口瓮棺里发现2面后汉镜，26个青铜制手镯等。值得注意的是，上述厚葬的瓮棺埋葬在公共墓地中，并且与一般瓮棺相同。据分析，厚葬的墓主仍为氏族或部落的一员，但他们是有权威有私产的氏族或部落、部落联盟的首领。
弥生时代到古坟时代前期各地修造墓扩周围环绕方形壕沟的方形周沟墓。这种坟墓在弥生前期畿内地区首先出现，然后传播到各地。弥生中期方形周沟墓形成墓群，与坑墓群并存。在大坂府瓜生堂遗址中发现属于弥生中期的以沟为界与其他坑墓群相区别的方形周沟墓群。这种葬法也反映了阶级分化的情况。
弥生中期以来，在冈山平原出现利用自然丘陵顶部修成的方形台状墓。弥生后期的都月2号坟是将山背修成方形台状，其上筑造坟丘，坟丘下部排列石头，中央设竖穴式石室，周围置10座土扩墓和1座石棺墓。这是以石室的葬者为中心的集团墓。石室的葬者可能是氏族首领。
氏族首领利用职权将剩余产品相交换产品攫为已有，不断扩大私有财产，逐渐变成剥削他人的奴隶主。战俘和由公社内部分化出来的穷人则变成他们的奴隶。
这个时期的日本正值思格斯所说的“英雄时代”，即军事民主时期。《古事记》中的《久米歌》就是产生在这样的“英雄时代”。《久米歌》是久米部落中流传下来的歌谣。歌的主人公是久米军事部落的酋长，他动员久米健儿杀敌报仇。
部落之间的频繁战争，加速了私有制和阶级分化的发展，原始社会终于被阶级社会所代替。“氏族制度已经走到了尽头。社会一天天长成，越来越超出氏族制度的范围……国家已经不知不觉地发展起来了。”