图 奥斯曼帝国灭亡拜占庭
当奥斯曼人到来的时候，希腊人兴起了两股移民运动。首先是希腊知识分子阶层向西欧的移民，由此激发了文艺复兴的到来。其次，一些希腊人离开了平原，躲进层峦的群山中。希腊是个多山的国度，而奥斯曼人从未成功地在山区建立他们的军事或者行政存在，因而在这种意义上来说，奥斯曼人从来没有完全征服希腊。在希腊大陆和岛屿上存在有许多秘密社群，如克里特岛上的Sphakiots、伊庇鲁斯的Souliots以及伯罗奔尼撒的Mani都是奥斯曼统治时期山区活跃的秘密社群。自16世纪末直至17世纪，许多希腊人开始从山区搬回平原地区。帝国推行的宗教自治社区“米利特”（Millet）制度将各个地区分划给宗教族群自治，这间接促进了东正教希腊人的民族凝聚力。希腊正教会作为民族-宗教社团，帮助全希腊各个地区（山区、平原、岛屿）的希腊人在艰难的奥斯曼统治下维系自己的种族、文化以及语言遗产。
图 全盛时期的奥斯曼帝国
奥斯曼统治下的希腊人不是承受异族统治的基督徒就是秘密基督徒（Crypto-Christians），他们表面上遵循伊斯兰教的教规，而秘密地实践希腊正教的信仰，以逃避苛重的捐税，而同时又不失去同希腊正教会的联系。然而那些真正皈依伊斯兰教的希腊人，即使他们保留了自己的文化和语言，也被同族的正教希腊人视为土耳其人。