《五条誓文》与屿《政体书》
天皇政府在进军德川幕府过程中中就着手制订政治纲领和各项方针政策，以便在打倒德川幕府后进行改革。1868年3月14日，公布了《五条誓文》。《五条誓文》(施政纲领)原案称《议事体制大意》，是公元1868年正月参与由利公正起草的，后由参与福冈孝弟加以修改而成《会盟》。由利公正原案的第一条是“庶民遂志，务使人心不倦”。“庶民”指的应是普通老百姓。而《会盟》的第一条明确定为“兴列侯会议，万机决于公论”。“列侯会议”指的是几个强藩诸侯联合专政，即成立“开明派”封建主的政权。最后，木户孝允又把《会盟》改为《五条条誓文》，把“兴列侯会议”改为“广兴会议”，并阐明这是日本将“进行未曾有的大变革”的“国是”。它以天皇率领公卿、诸侯及文武百官在紫良殿向“天神地祗”宣誓的形式发布。这就把明治政权的中央集权原则从法律上固定下来。
《五条誓文》第一条是为了稳定大名、公卿，便于建立以天皇为首的中央集权国家；第二条是强调上下一心，发展资本主义经济政治；第三条是废除等级身份制度，使公卿与武家同心，庶民(以豪商豪农为主的地主资产阶级和百姓)也“各遂其志”，各安其业；第四条是暗示放弃攘夷口号，要与外国交往；第五条是要学习西方的科技文化，以振兴国基。《五条誓文》反映了地主资产阶级的政治经济要求，是明治政府实行改革的基本纲领，规定了日本要走资本主义道路。总的说来，《五条誓文》的基本精神是积极的。
但是，《五条誓文》还保留了一定的封建成份。例如，发布誓文时，采取对神宣誓而不是对人民负责的形式，表示明治政府具有反民主的神权政治性格。誓文第一条里的”会议”与“公论”是指朝廷大臣和统治阶级，人民群众没有任何权利。第四条后半句的“一秉天地之公道”，还是落脚于天意。在发布《五条誓文》的同一天，又发表窿了神圣的《宸翰》(御笔信)。文中说：“肤安抚尔等亿兆，终欲开拓万里波涛，布国威于四方，置天下于富岳(指富士山一作者)之安”。由此可见，明治政府早就确定了对内镇压对外扩张的军国主义基本本国策。在同一天发布的《五道告示牌》(五榜)，一开头就强调中国式的封建伦理，规定“正五伦之道”和“不准结党聚众上诉”，坚持“严禁天主教”等。这些都暴露了明治政府的阶级局限性和变革的不彻底性。
公元1868年闰4月27日公布了《政体书》。这是明治政府的政治体制和组织法令。它根据《五条誓文》原则，参考了《令义解》、《西洋事情》(福泽渝吉著)等。规定：“天下权力皆归太政官，使政令无出二途之患”，以谋求政令统一，建立中央集权国家。太政官(相当于总理大臣)之下，设议政(立法)、行政、刑法(司法)三官(权)，即(1)议政官掌管立法权，立法机关分为上下两局；上局由议定、参与以及由各藩选出的征士任议员组成；下局由称为办事的行政官兼任议长和由各藩选出的贡士组成。贡士经过贡士会议把各藩的意见反映到中央。上局的职责是确定政体，制定法律，决定机密政务，栓衡三等官以上官吏，严明赏罚，制定条约，宣布和战。下局的职责是承上局之命，讨论租税、货币、新约、宣战i讲和等重要问题，实际上是上局的咨询机关。(2)行政官掌管行政权。行政官有由“议定”允任的辅相两人“辅佐天皇”，统辖行政、神抵、会计、军务、外国、民部等六官(省、知)。(3)刑法官掌管检察、裁判、警察等司法权，由此完备了天皇专政的体制。但议政、行政、刑法三机关的长官不能互相兼任，在形式上采取了西方资产阶级民主政体“三权分立”。
在地方上，在政府直辖领地设置府(京都、大胶、江户)或县，各藩与府、县并列，称为府藩县三治制。
这样，新政权的全国性统一组织开始就绪。尽管这些措施还不完备，三权分立的方针很难模仿于日本，官吏公选也只是在三等官以上的高级官僚内部实行一次。但总的来看，明治政权代替了幕府和列藩专制领主的统治，体现君主和官僚构成的中央集权统一国家原则，具有一定的历史意义。这一年(公元1868年)的7月17日江户改称东京，9月8日改元明治，并规定一世一元制，公元1869年3月定东京为首都。
“版籍奉还”
内战使各藩在政治上遭到打击，分裂为相互对抗的勤王、佐幕两派，藩主与藩士的主从关系进一步瓦解。财政上因军费开支无法维持，使占藩国三分之二以上的小藩濒临破产。军事上戊辰战争后，各藩都因内战而拥有巨大兵力，藩权向下级武士转移，过去的藩主及家老(重臣)对藩政已不能控制。这些都加速了藩的解体，有利于新政府统一全国。公元1868年(明治元年)4月12日，维新政府就指示各藩，废除不合时势的事宜，一新风气，登用人才，改革藩政同年10月，东北地区内战结束后，明治政府制定了“藩治职制”，将藩政和藩主家政分开，废止门阀世袭的家老制度；在藩主下新设执政、参政、公议人等职，从藩的下级武士中选拔同中央有联系的人担任。执政遵奉朝命，辅佐藩主；公议人代表藩的主张，任公议所的议事员。这项措施划一了藩制，采用议事制，加强了明治政府对各藩的控制。
然而，各藩仍由藩主统治，地方割据的局面依然存在，封建领主制还没有废除。这时农民为反对各藩强征劳役、领主加重剥削，以及新政府取消“年贡减半”的诺言，不断爆发起义。公元1868年发生79起，公元1869年发生110起；其中关东和东北地区起义最烈。公元1868年10月至11月会津起义，除提出由农民选举村吏，实行农村自治，烧毁丈量田亩、年贡、典押土地等清册和字据外，并否认旧领主和地主的土地所有，保证农民的土地所有权。农民起义震撼了旧领主制的基础，也打击了新政府的统治。
木户、大久保等为废除封建割据和收揽人心，积极开展统一国家的活动。他们采取两个步骤，第一步是“版籍奉还”。“版”指土地，“籍”指户籍(人口)，版籍奉还就是诸侯交出对土地和人民的封建领有权。木户孝允主张：“一变7百年来之积弊，使3百诸侯均牵还其土地人民，否则一新之名不知何在。”萨、长：土、肥四藩主在参与久保、木户、板垣、大隅的分别说服下，公元1869年1月20联名上表朝廷，请求奉还版籍。随后，其余2百余藩陆续提出申请。公元1869年6月17日，明治政府批准收回各藩的版籍。任命旧藩主为藩知事，剥夺了他们对土地和人民的领有权。进而废除大名和公卿的称号，改称华族，废除藩主与家臣的主从关系，把藩士改称“士族”和“卒”，执政改称大参事。
版籍奉还是以和平方式对领主制的全面废除。它是在以戊辰战争胜利为前提的条件下进行的，没有戊辰战争的胜利，藩主不可能自动奉还版籍。版籍奉还结束了数百年来封建割据的局面，为建立资产阶级中央集权国家创造了先决条件。
“废藩置县”
版籍奉还后，明治政府为了划一藩政，加强监督，着手改革各藩藩政。公元1870年9月公布了藩政改革纲要即《藩制》。其内容：一、精简各藩的行政机构，选拔人才，淘汰冗员；二、取消封建武士的“知行地”(采邑)；三、改革禄制，把藩米产量的十分之一作为知事的家禄，其余按比额依次充当军事费、行政费、士卒俸禄等；四、藩知事的家计和藩的财政分开；五、限制藩的自主权、实行禄制改革。这种改革使士族不满，以致激成暴动。公元1870年11月至次年4月长州发生了反对新政府的暴动，政府动员四国、九州42藩的兵力镇压了暴动动。当时一些小藩由于财政穷困和农民、市民的暴动，难以维持藩政，主动向政府申请废藩。首先是古井、狭山两藩申请废藩(公元1869年)，接着盛冈、长冈两藩请废(公元1870年)，后来多度津、丸龟、龙冈、大沟、津和野等藩请废(公元1871年)。于是岩仓、大久保、木户等决定采取统一国家的第二个步骤，即“废藩置县”。
在废藩置县前，围绕政府体制问题，明治政府的首脑之间发生了分歧。西乡隆盛带领大军进京的目的是想通过废藩置县改族政府，建立代表士族利益的军事封建专制制度。木户、大久保请西乡隆盛出马，则是为了把鹿儿岛的军队改编成忠于政府的常备军，以便废藩置县。两者明显分歧。1871年6月25日，西乡独断地决定改组政府，除他本人和木户两人留任参议外，其他参议一律降级为各省的卿。与此相反，7月14日木户以集结四藩力量废藩置县为名，下令恢复了大限的参议职，并新任板垣为参议，井上馨升为民部大辅(后改为大藏大辅)，又改组了政府。尽管两派对立，但在废藩置县上还是意见一致的。7月14日，木户孝允等以天皇名义，把在京的76个藩知事召至宫中，宣读废藩置县的铝书，强调：“值此更新之际，如欲内以保安亿兆，外以与各国对峙，宜使名实相符；政令归一”；“故今更废藩为县，务除冗就简，去有名无实之弊，无政令多歧之忧。”果断地进行了废藩置县的改革。
全国废除260余藩，划为1使3府302县(同年11月合并为3府72县，1888年合并为3府42县)；免去藩知事的官职，由中央政府任命府知事和县令。并命令藩知事离原有领地迁至东京居住即所谓“定居荤下”。府县之下设小区、大区，大小区之下有镇、村。大区设区长，小区设户长、副户长，废除过去的庄屋(名主)等名称。区成了中央政府统治下的行政单位。1872年编制了户籍。政府对旧藩主给予“华族”特权身份的称号，发给旧藩主和藩士以家禄，承担了各藩的内外债7，813万余日元，并接收各藩的纸币2，493万余日元。1873年发行《新旧公债证书条例》，将旧藩债务全部变成政府的公债。这也是明治维新后以赎买手段废除封建制度的一中政策。废藩置县的成功，标志推翻封建制度的日本资产阶级革命基本完成，为建立一个中央集权国家和发展资本主义经济奠定基础。
天皇亲兵的建立
废藩置县是建立统一中央集权国家的一大措施，明治政府估计可能会遇到大藩的抵制或反抗，有必要建立能够足以镇压的武装。这只能依靠萨、长、土三藩协助解决。公元1870年12月，明治天皇以岩仓具视为御使，木户孝允和大久保利通为副御使，派往长州、萨摩，向两藩知事传达务必进京协助朝政的圣旨。不满新政府政策的岛津久光称病拒不进京，只答应西乡参加政府工作。西乡提出《25条改革建议书》以后，又向岩仓提出《时务建议书》、《劝农建议书》，主张以武士组成军队，保障武士俸禄，提倡忠孝信义。兵部大辅山县有朋(公元1838年—公元1922年)就萨、长、土三藩提供骑兵为天皇亲兵的问题与西乡等取得了一致意见。公元1871年2月发布建立天皇亲兵(近卫部队)的法令。公元1871年4至6月，三藩的步、骑、炮兵1万人，先后入京作为天皇的亲兵，归兵部省管辖。同时命令解散旧藩兵，武器、城廓等一切归兵部省管理。这就巩固了东京，加强了政府的权威。