庄园“不输不入”化
庄园除了以“神田”、“寺田”等不输租田为基础形成的外，原则上都是输租庄园，即庄园主必须从征收庄民的年贡中拿出一部分作为田租上交国家，并且在初期，庄民还被国家课以临时杂役等“国役”，庄园土地的调查权(“检田权”)也属于国衙，国衙的检田使和征税吏等各种“国使”有权进入庄园(“入部”)进行检田、收租和征调劳力。马克思说：“地租的占有是土地所有权借以实现的经济形式。”庄园主不能独占地租而必须把它分给国衙一部分，说明直至乎安前期庄园尚不具有完全私有地的性质。
从9世纪起，贵族庄园主开始争取自己的庄园不输租化。他们借助自己的权势，设种种口实向政府申请庄园免租。政府一旦批准；便发放可不输租的“太政官符”和“民部省符”。这种手续称“立券庄号”，获得不输租特权的庄园称“官省符庄”。这种庄园出现于今世纪中叶。10世纪以后，庄园主又开始力争获得“不入”特权。“不入”原来仅指国衙检田使等不得进入庄园，后来它的涵义扩大到不承认政府在庄园里拥有司法权和警察权。其结果，取得不输租权、杂役免除权、不入权的庄园便完全排除了国衙的一切干涉，庄园主获得了统治庄园的一切权力，变为领主，庄园则成为他的私人领地。不输不入庄园自公元11世纪起迅速增多，至公元12世纪在日本各地已经到处皆是。
封建领主等级土地所有制的形成
10世纪以后，有别于自垦地型庄园的寄进型庄园逐渐增多。这是指通过接受“寄进”(进献)土地形成的庄园。原来地方开发领主为得到权力的庇护和借助这种权力使自己的庄园不输不入化，便往往把自己的庄园进献给中央贵族和大寺社，奉之为领主，称之为“领家”，分给庄园年贡的一部分，自己则保留“下司职”或“预所职”(均指庄官)，留在原地，管理庄园。如果“领家”以为自己的权势仍不足以同国司抗衡，则将庄园进献给更有权势的贵族，奉之为“本家”，于是“本家”成了更高一级的领主。从而在庄园内部形成“本所职”一“领家职”，“下司职”这种层层瓜分年贡、土地的等级所有的体制。
但是，庄园领主土地等级所有制既不同于后来武家领主等级所有制，也不同于西欧封建领主土地等级所有制。它不是通过自上而下分封领地，下放土地所有权的方式，而是通过自下而上层层进献土地所有权的方式形成的。而且这种土地等级所有制，由于进献者和受献者之间没有建立以私人武装组织为基于的严格等级关系(主从关系)，所以得不到强有力的保证。进献者和受献者间只是寄进契约所规定的关系，而这种规定主要是保证进献者(开发领主)在庄园里的实力地位。实际上，“本家”、“领家”等各级领主大多是名义上的领主，充任庄官的开发领主才是庄园的实际所有者。他们不只掌握庄园经济、行政、司法等权力，而且也是庄园武装力量的组织者。庄园领主能不能顺利地调动庄园武力，完全取决于庄官的态度。正因为如此，后来许多庄官成为武家政权的支柱。所以这种庄园领主土地等级所有制是极不稳定的。
这个时期庄园的农民已经成为庄园的专属农民，即“庄民”。庄民生产粮食、农副产物、山林产品和家庭手工业品。这些产品除满足庄民本身需要外，还供应住在奈良、京都的庄园领主。庄园领主只有那些高级享用品才依靠中国的输入，满足他们的奢侈生活。这表明，庄园经济是一种农业同家庭手工业紧密结合的自给自足经济，整个庄园便是一个同外界很少联系的经济整体。
公元12世纪，庄园领主制确立起来。封建庄园占全国土地之半，而所剩余的一半土地由于“知行国”制的确立，也逐渐封建领地化了。“知行”意为对土地财产的直接支配。“知行国”或“领国”是指特定的个人(皇族、廷臣、后来也包括“武家栋梁”)拥有知行权的国(地方)，实际就是采地。至公元13世纪，这些知行国进一步变成了皇亲、权贵和武家的世袭领地。
封建经济的发展
公元10世纪以后，铁制农具和使用牛马耕作在田堵、名主中已普及，水稻生产方法获得显著进步。如实行播种前浸种，插秧，开始用水车灌田，还懂得田间除草，利用稻架晒干的干燥法等等。水稻产量因之有了提高，从前国家从农民那里充其量只能收缴产量3％的租，而现在庄园领主却能够从名主那里征收产量30％的贡租。公元10世纪的日本古辞典《倭名类聚妙》中列举的旱田作物(粮食和莱蔬)多达70种，证明这一时期旱田作物也得到显著发展和普及。
农业同手工业的分工扩大了。在古老城市奈良、京都和一些庄园附近的手工业作坊，拥有掌握特殊技能的工匠：织匠、木匠、泥瓦匠、刀匠、炉匠、漆器匠、金银器匠、佛像铸造匠等等。这些工匠或按订货生产，或从事寺社和官衙的建造、修理工作。商业也有发展。在奈良和京都，从市集商业已发展到店铺商业，出现称作“市人”、“市女”的独立商人。在地方，寺社门前和庄园要地都开辟了定期集市，出现称作“贩夫”的独立商人。在水陆要地出现了称为“津屋”、“问”一类的货栈，经营货栈的“问丸”(往往是经济力量雄厚的名主)为庄园保管、运送年贡或代理贩卖，收取手续费。在物资集散 。最繁盛的淀川沿岸这类货栈特别多。